首先，Spring Data JPA可以理解为 JPA 规范的再次封装抽象，底层还是使用了 Hibernate 的 JPA 技术实现。
JPA默认使用hibernate作为ORM实现，所以，一般使用Spring Data JPA即会使用hibernate。Hibernate是一个开放源代码的对象关系映射框架，它对JDBC进行了非常轻量级的对象封装，它将POJO与数据库表建立映射关系，是一个全自动的orm框架，hibernate可以自动生成SQL语句，自动执行，使得Java程序员可以随心所欲的使用对象编程思维来操纵数据库。
MyBatis 是一款优秀的持久层框架，它支持定制化 SQL、存储过程以及高级映射。MyBatis 避免了几乎所有的 JDBC 代码和手动设置参数以及获取结果集。MyBatis 可以使用简单的 XML 或注解来配置和映射原生信息，将接口和 Java的enetity对象映射成数据库中的记录。
所以，这里说 jap和mybatis的区别也就是 hibernate和mybatis的区别了。
Mybatis学习门槛低，简单易学，程序员直接编写原生态sql，可严格控制sql执行性能，灵活度高，非常适合对关系数据模型要求不高的软件开发，例如互联网软件、企业运营类软件等，因为这类软件需求变化频繁，一但需求变化要求成果输出迅速。但是灵活的前提是mybatis无法做到数据库无关性，如果需要实现支持多种数据库的软件则需要自定义多套sql映射文件，工作量大。
Hibernate对象/关系映射能力强，数据库无关性好，对于关系模型要求高的软件（例如需求固定的定制化软件）如果用hibernate开发可以节省很多代码，提高效率。但是Hibernate的学习门槛高，要精通门槛更高，而且怎么设计O/R映射，在性能和对象模型之间如何权衡，以及怎样用好Hibernate需要具有很强的经验和能力才行。
总结来说：
Mybatis可以进行更细致的SQL优化,查询必要的字段,但是需要维护SQL和查询结果集的映射。数据库的移植性较差,针对不同的数据库编写不同的SQL。
Hibernate对数据库提供了较为完整的封装,封装了基本的DAO层操作,有较好的数据库移植性。但是学习周期长，开发难度大于Mybatis。
对于hibernate和mybatis而言，两者都是orm框架，就一定会有对比。两方，网上都是各抒己见
比如：
从框架的设计理念上来看，hibernate是一种面向对象，全自动的orm框架，hibernate 是我们不用关注数据库，而需要去关注代码本身，通过操作映射表的实体对象，一定程度上简化了开发，提高了开发效率，而mybatis 是一种半自动的orm框架，使用时需要自己写sql语句，在我看来，项目中太多的sql语句，反而不如直接的实体对象操作更清晰明了
从表关联上看，有人说hibernate的多表关联是一大弊病，hibernate 本身并没有提供实体类多表关联的方法，而如果通过mangtoOne之类的实体类设计又会产生效率问题，但其实现在已经有了很好的解决方案，通过整合queryDSL就可以很方便地对表对象进行关联查询，这样其实mybatis 的灵活sql优势其实也没有那么的明显
从表，表字段映射上看，hibernate 直接通过框架生成表，表字段，能够更方便地对数据库的表进行维护，而mybatis 建表更新表都需要写sql语句，又需要花费精力去维护这样的sql语句，sql语句查询出来的数据又要通过resultMap 进行映射，没有hibernate方便
从性能上看，如果只是内部系统，用户量较小的系统，两个框架其实性能上差距不会太明显，这个时候推荐使用springdatajpa 开发效率反而会更高
总之，按照用户的需求在有限的资源环境下只要能做出维护性、扩展性良好的软件架构都是好架构，所以框架只有适合才是最好。其次就是领导的决策和team的沟通！
