1、升级更新buildToolsVersion 到最新版本
2、升级Android Studio 2.2.2版本，JDK 1.8版本
3、配置JAVA_HOME路径
然并卵没有解决我个人的问题
gradlew compileDebug --stacktrace 可以用于查看堆栈的错误信息，然后再去网上继续找寻错误信息。
把命令gradlew compileDebug --stacktrace 改成 gradlew compileDebugJavaWithJavac
居然把具体的错误信息打印出来了
然后更改，解决问题
像我遇到的问题是，刷新的时候都没有问题，运行的时候就出现我们标题的问题，然而解决了几次这样错误以后，发现一般来说只有manefest的权限重复这种类型错误，不打印错误信息出来，是看不到真正的错误的。gradle和studio升级版本越来越高以后，对权限要求都不能重复了，感觉算不算坑，有点追求完美？以前版本是可以兼容，内部应该帮你合并了的。
环境：studio3.0.1 gradle 4.1版本