在eclipse上面部署web项目后，它没有将你的项目文件放到tomcat 的目录下面。而是放在了你的工作目录下面。
你到这里去找：E:\jintao\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps ；红颜色部分为eclipse的工作空间名，即workspace，你可以修改成你自己的名字
以前用myeclipse时，web项目都是自动部署在tomcat中的webapps文件下的，eclipse却不是，很不习惯，所以想修改部署目录的看以下步骤：
1.在tomcat上右键选择“stop” 。停止eclipse内的Tomcat服务器
2.在tomcat上右键选择“Add and Remove”，删除该容器中部署的项目，点击”remove all“，即可移除所有项目，完了”finish“
3.在tomcat上右键选择“clean”，清除该容器相关数据
4.在tomcat上右键选择“open”，打开tomcat的修改界面
5.找到servers location，选择第二个(User tomcat Installation)；修改deploy path为你自己tomcat的webapps ，最后“ctr+s”保存关闭
注意：以上步骤必须操作，否则下面的步骤会被置灰无法操作。我的最后一张图之所以是灰的，是因为我已经操作了一遍，已经保存了
还可以参考这篇帖子http://bbs.csdn.net/topics/390763495