JavaEE是指Java Enterprise Edition，Java企业版，多用于企业级开发，包括web开发等等。也叫J2EE。
JavaSE通常是指Java Standard Edition，Java标准版，就是一般Java程序的开发就可以(如桌面程序)，可以看作是JavaEE的子集。
Java是一问语言，J2EE是Java语言的一门使用技术，Java为J2EE提供了库和语法，J2EE使用Java的库和语法应用在WEB上。这是概念性的区别。
更详细的解释：
Java 平台有三个版本，这使软件开发人员、服务提供商和设备生产商可以针对特定的市场进行开发：
一、Java SE（Java Platform，Standard Edition）。Java SE 以前称为 J2SE。它允许开发和部署在桌面、服务器、嵌入式环境和实时环境中使用的 Java 应用程序。Java SE 包含了支持 Java Web 服务开发的类，并为 Java Platform，Enterprise Edition（Java EE）提供基础。
二、Java EE（Java Platform，Enterprise Edition）。这个版本以前称为 J2EE。企业版本帮助开发和部署可移植、健壮、可伸缩且安全的服务器端 Java 应用程序。Java EE 是在 Java SE 的基础上构建的，它提供 Web 服务、组件模型、管理和通信 API，可以用来实现企业级的面向服务体系结构（service-oriented architecture，SOA）和 Web 2.0 应用程序。