病原微生物分析：
Eg：痢疾杆菌
测序---比对（K12vs治病菌1vs治病菌2），发现：
“毒力岛”：K12没有，两个治病菌有，缩小搜寻范围。
“黑洞”：K12有，但两个治病菌没有。
SARS：
构建系统发育树，发现由冠状病毒进化而来。
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不同地区的SARS基因组比较，可溯源病毒传播
根据各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系，它们可以被分成2类（分别称之为”局域传播类”和”全球传播类”），这两类在我们构建的世系谱上得到准确的重现，这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息。
人类基因组范围：
28,000+-4,000----3万/4万---14015个