int[] a={3，1，4，2，5}；
int[] b=a；
数组b只是对数组a的又一个引用，即浅拷贝。
如果改变数组b中元素的值，其实是改变了数组a的元素的值，要实现深度复制，可以用clone或者System.arrayCopy
int[] a={3，1，4，2，5}；
int[] b=a.clone（）；
b[0]=10；
System.out.println（b[0]+" "+a[0]）；
但是clone和System.arrayCopy都是对一维数组的深度复制。
对于二维数组则不一样：
int[][] a={{3，1，4，2，5}，{4，2}}；
int[][] b=a.clone（）；
b[0][0]=10；
System.out.println（b[0][0]+" "+a[0][0]）；
输出为10 10所以clone并不能直接作用于二维数组。
因为java中没有二维数组的概念，只有数组的数组。所以二维数组a中存储的实际上是两个一维数组的引用。当调用clone函数时，是对这两个引用进行了复制。
要证明，只需看下面的输出
int[][] a={{3，1，4，2，5}，{4，2}}；
int[][] b=a.clone（）；
b[0][0]=10；
System.out.println（b[0][0]+" "+a[0][0]）；
System.out.println（a[0]==b[0]）；
第5句输出为true.用clone对二维数组进行复制，要在每一维上调用clone函数
int[][] a={{3，1，4，2，5}，{4，2}}；
int[][] b=new int[a.length][]；
for（int i=0；i<a.length；i++）
{
b[i]=a[i].clone（）；
}
b[0][0]=10；
System.out.println（b[0][0]+" "+a[0][0]）；
System.out.println（b[0]==a[0]）；
输出为10 3 false
小结：
数组的复制方法现在至少有四个思路：
1 使用循环结构 这种方法最灵活。唯一不足的地方可能就是代码较多
2 使用Object类的clone（）方法， 这种方法最简单，得到原数组的一个副本。灵活形也最差。效率最差，尤其是在数组元素很大或者复制对象数组时。
protected Object clone()
3 使用Systems的arraycopy这种方法被告之速度最快，并且灵活性也较好，可以指定原数组名称、以及元素的开始位置、复制的元素的个数，目标数组名称、目标数组的位置。
static void arraycopy(Object src, int srcPos, Object dest, int destPos, int length)
4 Arrarys类的copyOf（）方法与copyOfRange（）方法可实现对数组的复制
static <T> T[] copyOf(T[] original, int newLength) static <T> T[] copyOfRange(T[] original, int from, int to)
参考文献http://jingyan.baidu.com/article/e4d08ffddbb7610fd2f60d90.html