R-基础（二）：目录和文件

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R语言可以对目录和文件进行一些简单的操作，比如常见的增删改查，文件的读取，文件的写入，对文件进行解压等。

1 目录和文件增删改查

函数	作用	操作对象
getwd()	查看当前工作目录	目录
setwd()	设置当前工作目录	目录
dir.create()	创建目录	目录
list.dir()	列出目录下所有内容	目录
unlink()	删除目录或文件	目录/文件
file.exists()	检查某个目录和文件是否存在	目录/文件
file_test()	判断是一个目录还是文件，参数-f判断是否为文件,-d判断是否为目录	目录/文件
file.create()	创建文件	文件
file.remove()	移除文件	文件
file.rename()	对文件重命名	文件
file.copy(c("A") , "tmp")	文件A复制到目录tmp下	文件

# tar文件解压
untar(tarfile  = 'GSE14407_RAW.tar',      # 输入文件
      exdir    = 'GSE14407_RAW')          # 输出文件

# gz文件解压
library(R.utils)
gunzip(filename = 'file_name.gz',  # 输入文件
       destname = 'file_name' )  # 输出文件

3 文件读取

3.1 文本文件读取

read.table()读取带有分隔符的文件，文件示例：

文件是以逗号为分隔符的文件，并且文件中含有空值

文件读取：

data = read.table(file = 'example.txt',
                  comment.char = "#",   # 不读取以"#"开头的行
                  header = T,           # 第一行为列名        
                  sep = ',',            # 以","为分隔符，常见还有"\t"为分隔符
                  fill = T,             # 空值用NA代替
                  check.names = F,      # 不检查列名
                  stringsAsFactors = F) # 字符串不改为因子
data
##   mt-names mt-disp mt-wt mt-hp
## 1    Mazda 160.000  2.62   110
## 2    Mazda   2.875    NA   108
## 3   Datsun   2.000    NA   123

3.2 EXCLE文件读取

读取一个Excel文件的最好方式，就是在Excel中将其导出为一个逗号分隔文件（csv），并使用read.table()将其导入R中。

readxl包读取excle文件

library(readxl)
datasets <- readxl_example("datasets.xlsx")
#读取第一个工作表
read_excel(datasets)
#读取第二个工作表
read_excel(datasets,2)
#读取C1:E7内容
read_excel(datasets,range = "C1:E7")
#读取148行以后的内容
read_excel(datasets, skip = 148, col_names = FALSE)
#读取前3行
read_excel(datasets, n_max = 3)
#读取102:151行
read_excel(datasets, range = cell_rows(102:151), col_names = F)
#读取B:D列
read_excel(datasets, range = cell_cols("B:D"))