Affy包

下载安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("affy")
BiocManager::install("estrogen")

affy 包为 Bioconductor 之中一个用于数据预处理的包。

先解释以下为什么这个包叫这个名字，这是因为affy其实是一个生产芯片的公司，这个公司做的芯片所产生的的数据肯定不是拿过来就能用的，不同的实验组，不同的PM和MM都是需要处理的。所以他们官方出了一个工具包叫做affy，专门用来处理原始的实验数据。

基因芯片的原始数据是一个 .cel 文件，当然在我们的 estrogen 包中自带了一小部分 .cel 数据，可以用来学习。