根本原因就是没有将tomcat目录指对。
操作方法：
1、切换到Java EE视图，点击Servers标签，如果之前没有配置过，可以添加下面的new.
1、如果之前新建过的话且添加过项目的话，在tomcat上面右击,选择add or remove->remove掉所有的项目。
2、点击Servers标签->Clean
3、点击Servers标签->Open->server path选第二个(user tomcat installation)，deploy path填写成webapps即可
4.要想启动的话，在tomat上面右击启动即可。
参考链接：http://zhidao.baidu.com/question/143479928.html
http://wandejun1012.iteye.com/admin/blogs/1896510