引用第三方jar：在项目文件加下新建lib文件夹，将引用的jar放入该文件夹。添加引用：项目右键-属性-库，在编译时库中添加JAR/文件夹，找到lib下的jar，然后在程序中就可以导入调用了。
打包含第三方jar：在manifest.mf中添加类路径，比如我引用的是lib文件夹下的jacob.jar：
如果引用了多个jar文件，只需要空格之后继续写就行。
其余的和不含第三方jar的一样，可以参考这篇文章，还带改.exe图标的：
https://blog.csdn.net/mysonismysun/article/details/16967593
有些时候，打包出来的.jar可以运行，但.exe程序运行会出错：invoking method error，点击确定后说，启动虚拟机失败，
可能是因为第三方包的.dll文件在打包出来之后的运行时里不存在。解决方法是找到该.jar文件的.dll文件，一般下载jar的话都会附带.dll文件的。将.dll文件复制到打包出来的runtime下的bin中，就可以运行了。
本文完结。
另外说一下我解决这个问题的过程：
将第三方.jar打包成exe的话，我在网上查了很久，大部分是说改build.xml文件的，我都已经把build.xml中大部分代码弄懂了，照着他们的改也不行，其实netBeans中集成的ant不需要自己手动编写打包，一切都写在了build-impl.xml中，在manifest.mf中也不需要指定主类Main-Class，不然可能会出现重复编译错误。
一开始.exe运行不了，我一直以为是外部包没有被打包进来，于是想办法把它和项目生成的包打成一个包。但是都没用，查了两天，在stoneflow上找到一种方式可以将运行时的出错情况输出到.txt：
在txt中知道错误的原因原来是找不到dll，说明我前面一直没找到问题所在，知道错在哪就容易解决了。
另外，想自己用javafxpackager在命令行打包的可以参考这篇帖子（不含第三方jar)：
http://tieba.baidu.com/p/4206532998?pid=80407908127&cid=0&from=prin#80407908127?from=prin