许多科学的Python发行版，例如Anaconda，Enthought Canopy和Sage，捆绑Cython并且不需要设置。
与大多数Python软件不同，Cython需要在系统上存在C编译器。获取C编译器的细节因使用的系统而异：
- Linux GNU C编译器（gcc）通常存在，或通过包系统轻松获得。例如，在Ubuntu或Debian上，该命令将获取需要的所有内容。
sudo apt-get install build-essential- Mac OS X要检索gcc，一个选项是安装Apple的XCode，可以从Mac OS X的安装DVD或https://developer.apple.com/中检索。
- Windows一个流行的选择是使用开源MinGW（gcc的Windows发行版）。Enthought Canopy和Python（x，y）捆绑MinGW，但附录中的一些配置步骤可能仍然是必要的。另一种选择是使用Microsoft的Visual C.然后必须使用与编译安装的Python相同的版本。
安装Cython的最简单方法是使用pip：
pip install Cython
最新的Cython版本始终可以从https://cython.org/下载 。解压缩tarball或zip文件，输入目录，然后运行：
python setup.py install
对于一次性构建，例如用于CI /测试，在PyPI上提供的一个轮组件未涵盖的平台上，它比完全源构建快得多，以安装未编译（较慢）的Cython版本
pip install Cython --install-option="--no-cython-compile"