天然产物是新药发现的重要源泉，天然产物化学成分实物库与数据库的建设对天然产物的研究与开发有重要的意义。本文就目前国内可以公开查询到的有关天然产物的实物库和数据库建设情况进行概述，希望对天然产物的研究与开发有所帮助。
1、中国天然产物数据库[Chinese Natural Product Database (CNPDTM)]
CNPDTM 数据库包括两方面内容：一是库管理系统，二是数据本身。
数据库是利用先进的化学信息管理系统 ISIS/Base & Draw 进行数据管理，可以方便地连接其他应用系统如 BIOVIA 所提供的分子模拟和分子设计软件系统 Discovery Studio。 目前共收集了五万七千多个天然产物，涵盖天然产物的三十七个类别。而且类药性分析结果标明，其中有 70％的分子是类药性分子。
同时还收集了天然产物相关的各类信息，主要包括：
• 天然产物的二维分子结构及三维分子结构。三维分子结构是利用分子力学方法优化得到的。导出的三维分子结构不仅可以进行针对药物靶标的虚拟筛选，而且可以将三维分子结构与生物活性资料相结合，来探索分子结构和活性间的相互关系。
• 天然产物的名称、分子式、分子量、熔点、旋光度等重要理化性质。
• 天然产物的 CAS 登录号。CAS 登录号可以作为与其它化学信息资源关联的便捷接口。
• 一些天然产物的生物活性信息及其参考文献。包括文献来源、作者、年代等详细信息。
• 天然产物的自然来源及其参考文献。包括文献来源、作者、年代等详细信息。
• 原植物或其同属中药在中国传统医药中的应用。包括中文名，拉丁文名，性味，归经及功用主治等。
2、微生物天然产物数据库MNPD
《微生物天然产物数据库MNPD（Microbial Natural Products Database）》是国内唯一的微生物来源的天然产物数据库。MNPD构建于MDL公司ISIS化学信息管理系统开发平台之上，收集了近几十年来主要相关专业文献、专利及专著中的微生物天然产物共16000个，其中有确切化学结构式的共10000多个。MNPD收集的信息，主要包括以下几个方面内容：
1.微生物天然产物的名称、分子式、分子量、结构类型、CAS登记号、颜色、晶型、熔点、旋光度、溶解性、紫外和红外特征吸收峰等重要理化性质。
2.已确定结构的微生物天然产物的二维化学结构式及利用分子力学方法优化得到的三维结构式。
3.微生物产物的产生菌、制备方法及生物活性。
4.原始参考文献及专利信息。
MNPD可以为从事天然产物、药物化学、微生物学、生物化学、药理学、新药筛选、药物设计、组合化学、化学信息学等领域的科研人员提供极大的帮助。
- 海洋天然产物三维结构数据库
该数据库含有约31000个海洋天然产物的准确三维结构，可直接用于虚拟筛选与智能药物设计，提升海洋药物开发速度与效率。
海洋试点国家实验室构建了全球首个包含3万余个人类已知的海洋化合物的3D数据库、首次完成170余个美国FDA批准的肿瘤药物靶点对海洋化合物数据库的精确筛选，发现1000余个具有开发前景的抗肿瘤药物苗头分子，经过生物学、药理药效学分析，海洋药物筛选准确率由20％以下跃升到70％以上。
- 中国天然产物化学成分库
收集了目前研究较为深入的中草药化学成分信息，共收录化学成分1万余种，涉及中草药 4500余种。该数据库的研制参考了《中药原植物化学成分手册》，《植物药有效成分手册》和《中药抗肿瘤有效成分药理与应用》等。著录项目：中文名称，英文名称，分子式，分子量，化学结构，生物活性，植物来源。中国天然产物化学成分数据库的建设，将为药物设计和药物研发工作者提供信息全面、方便快捷的信息查询服务。
检索途径：简单查询和高级查询两种途径。简单查询：中文名称和英文名称；高级查询：中文名称，英文名称，分子式，分子量，生物活性，植物来源。
- 药物和天然产物数据库
属上海有机所化学专业数据库系统的一部分。
1. 本数据库包括如下内容：
a) 化合物标识信息：CAS号、中英文名称(系统命名和俗名、商品名)、分子式 等
b) 药物信息：理化性质、药理毒性、用途 等
c) 天然产物信息：应用、开发状况、分解系数、毒性实验数据 等
d) 专利信息 ：专利号、专利文献的标题、申请日期、批准日期、发明人、所有权人、专利的用途 等
2. 药物和天然产物的数据的检索途径：
a) 化合物标识信息
b) 用途、应用
3. 专利数据的检索途径：
a) 专利号、专利文献的标题、申请日期、批准日期、发明人、所有权人、专利的用途 。
6、药用天然产物提取物活性数据库
数据库整合了九千多个药用天然产物提取物的原材料信息，提取方法信息，生物活性评价方法，生物活性数据活性评价相关人员信息等。活性结果涉及抗肿瘤,抗炎,心血管,脑神经等多方面的药理活性评价，为中药的科学研究和临床应用提供参考依据。本数据库的数量在50,000条以上。可以通过数据库的高级搜索进行数据的综合查询。
7、DSMS天然产物库
该数据库是由广州爱菩新医药开发的，属于化合物资源库的一部分。同时还含有药物库，合成化合物库等。该数据库整合了五千多种天然产物的分子信息，化学结构（3D）等。DSMS综合虚拟筛选与实体筛选的药物筛选数据管理系统，内置化合物资源库，为大规模化合物高通量筛选提供数据管理一站式解决方案，加速药物发现。整合虚拟筛选、实体筛选及化合物资源三大模块，数据相互关联。基于相似性原理，从化合物资源库中查找相似化合物，从而进行生物实验验证，并将筛选数据通过实体筛选模块管理，一个活性化合物发现多个活性化合物，实现一站式科研数据管理。