软件研发的间接成本为组织级成本，服务于整体研发活动，只要该组织还有软件研发活动，该成本就会发生，而不会因某个特定项目的结束或中止而不再发生。间接成本又分为间接人力成本和间接非人力成本。
间接人力成本
间接人力成本，是指服务于整体研发活动的非项目组人员的工资、奖金及福利等费用分摊。这些人员一般是组织级的研发管理人员，包括研发部门经理、项目管理办公室人员、工程过程组人员、产品规划人员、组织级质量保证人员、组织级配置管理人员等，他们并不承担特定研发项目工作，他们的费用分摊后计入间接人力成本。
间接非人力成本
间接非人力成本，是指服务于整体研发活动的非人力成本分摊。这部分包括研发场地房租、水电、物业，研发人员日常办公费用分摊及各种研发办公设备的租赁、维修、折旧分摊。例如：
a) 研发部门日常办公用的设备及软件成本，这部分费用可以按照间接非人力成本进行分摊。
b) 研发部门办公场地的租用会议室产生的费用，可以按照间接非人力成本进行分摊。
我们在估算软件成本过程中，若要正确区分直接成本与间接成本，可以假设当前项目中止或取消，未发生的相关费用是否还会继续产生，如果是，则属于间接成本，而如果相关费用不会发生，则属于直接成本。
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