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发生该问题的原因？
由于我通过上面的菜单栏配置了apk的签名信息，build.gradle重新syns后出现了错乱的情况。
解决方案：
需要代码回滚到未出现错乱前，直接在build.gradle里面进行修改。
总结
build.gradle里面的一些配置尽量在文件中手动修改。
当前studio版本是2.2.3，不知道后来的版本是有有这个问题。