1.含义不同
专利权，指专利权人对发明创造享有的专利权。属于发明创造。专利权所保护的是作者创造的思想内容。如果发明人就一项技术成果获得专利，其他人未经他的许可，不能随便在生产中实施这项技术。同一内容的发明，专利权只授予先申请人。
商标权是商标专用权的简称，商标权是指商标所有人对其商标享有的专有权利。属于标志设计。凡与注册的同类商品或类似商品的商标相同或近似的商品标识，依照各国的商标法往往不能取得专用权。
著作权是指公民、法人和其他组织对所创作的文学、艺术和科学领城内的作品依法享有的专有权利。属于创作作品，写软件和写文章一样。作品只要是各自独立完成，不论它们之间是否相同、类似，都受著作权法的保护。著作权并不保护作品的思想，而只保护作品的表达方式。著作权并不要求保护的作品是首创的，而只求它是独创的。任何作品只要是独立创作的，不论其是否与已发表的作品相似，均可获得独立的著作权。著作权过去称为版权。版权最初的涵义是copyright（版和权），也就是复制权。此乃因过去印刷术的不普及，当时社会认为附随于著作物最重要之权利莫过于将之印刷出版之权，故有此称呼。
2.保护期限不同
我国《专利法》规定发明专利的保护期为20年，实用新型和外观设计专利的保护期均为10年，自申请之日起算。
我国《商标法》规定的商标权有效期为10年，但有连续续展的规定，这实际上是我国对商标权提供了无限期的保护。
我国《著作权法》规定公民作品的著作财产权的保护期为作者终生及死后50年。
3.申请方式不同
专利权向国家专利局进行申请。
商标权须向商标局申请。
著作权则向版权保护中心进行申请。