MySQL物理文件组成:日志文件
错误日志 error log
错误日志记录MySQL Server启动信息、运行中较为严重的警告和错误信息、关闭信息。默认情况下该功能是关闭的，仅仅输出到标准错误输出stderr。如果开启该功能，则需要在启动时开启-log-error 选项。日志默认存放位置是在数据目录下以hostname.err 命名。但可以使用--log-error[=file_name]来修改其存放目录和文件名。
为了方便维护，可以利用MySQL 的FLUSH LOGS 命令来备份旧日志文件并生成新的日志文件。备份文件名以“.old”结尾。
二进制日志 binary log & binary log index
二进制日志也就是我们常说的binlog，默认关闭的。
当我们通过“--log-bin[=file_name]”开启记录功能后，MySQL 会将所有修改数据库数据的SQL以二进制形式记录到日志文件中。并且还包括每一条SQL所执行的时间、所消耗的资源、相关的事务信息，所以binlog是事务安全的。如果未指定file_name，MySQL则会在数据目录下记录为mysql-bin.******（*代表0～9 之间的某一个数字来表示该日志的序号）。
“--max_binlog_size”设置binlog 最大存储上限，当日志达到该上限时MySQL会重新创建一个日志开始继续记录。不过也有超出该设置的binlog 产生，一般都是因为在即将达到上限时产生了一个较大的事务，为了保证事务安全MySQL不会将同一个事务分开记录到两个binlog中。
“--binlog-do-db=db_name”设置对某个具体数据库（db_name）记录binlog，其他数据库binlog则不被记录。
“--binlog-ignore-db=db_name”与“--binlog-do-db=db_name”完全相反，指定忽略某个数据库（db_name）的binlog 记录，其他数据库会记录其binlog。
注意：“--binlog-ignore-db=db_name”与“--binlog-do-db=db_name”两个参数有一个共同的概念需要大家理解清楚，参数中的db_name 不是指query 语句更新的数据所在的数据库，而是执行query 的时候当前所处的数据库。不论更新哪个数据库的数据，MySQL仅仅比较当前连接所处的数据库（通过use db_name切换后所在的数据库）与参数设置的数据库名，而不会分析query语句所更新数据所在的数据库。
mysql-bin.index文件功能是记录所有Binary Log的绝对路径，保证MySQL各种线程能够顺利的根据它找到所有需要的Binary Log文件。
更新日志 update log
更新日志是MySQL在较老的版本上使用的，其功能和binlog 基本类似，只不过是以简单的文本格式记录内容。自从增加binlog功能之后就很少使用了。从版本5.0开始不支持该日志。
查询日志 query log
查询日志记录MySQL中所有的SQL，包括所有的select。通过“--log[=fina_name]”来开启。由于记录了所有的SQL，开启后对性能有较大的影响，慎用该功能。默认的查询日志文件名为hostname.log。
慢查询日志 slow query log
慢查询日志中记录的是执行时间较长的SQL。通过设--log-slow-queries[=file_name]来打开该功能并设置记录位置和文件名，默认文件名为hostname-slow.log，默认目录也是数据目录。
慢查询日志采用的是简单的文本格式，可以通过各种文本编辑器查看其中的内容。MySQL 还提供了专门用来分析满查询日志的工具程序mysqlslowdump来解决可能存在的性能问题。
Innodb 的在线redo 日志 innodb redo log
Innodb 是一个事务安全的存储引擎，其事务安全性主要就是通过在线redo 日志和记录在表空间中的undo 信息来保证的。redo 日志中记录了Innodb 所做的所有物理变更和事务信息，通过redo 日志和undo 信息，Innodb 保证了在任何情况下的事务安全性。Innodb 的redo日志同样默认存放在数据目录下，可以通过innodb_log_group_home_dir来更改设置日志的存放位置，通过innodb_log_files_in_group 设置日志的数量。
MySQL物理文件组成:数据文件
在MySQL 中每一个数据库都会在定义好（或者默认）的数据目录下存在一个以数据库名字命名的文件夹，用来存放该数据库中各种表数据文件。不同的MySQL 存储引擎有各自不同的数据文件，存放位置也有区别。多数存储引擎的数据文件都存放在和MyISAM 数据文件位置相同的目录下。
“.frm”文件
与表相关的元数据（meta）信息都存放在“.frm”文件中，包括表结构的定义信息等。不论是什么存储引擎，每一个表都会有一个以表名命名的“.frm”文件。所有的“.frm”文件都存放在所属数据库的文件夹下面。
“.MYD”文件
“.MYD”文件是MyISAM 存储引擎专用，存放MyISAM 表的数据。每一个MyISAM 表都会有一个“.MYD”文件与之对应，同样存放于所属数据库的文件夹下，和“.frm”文件在一起。
“.MYI”文件
“.MYI”文件也是专属于MyISAM 存储引擎的，主要存放MyISAM 表的索引相关信息。对于MyISAM 存储来说，可以被cache 的内容主要就是来源于“.MYI”文件中。每一个MyISAM表对应一个“.MYI”文件，存放于位置和“.frm”以及“.MYD”一样。
“.ibd”文件和ibdata 文件
这两种文件都是存放Innodb 数据的文件，存放Innodb 数据和索引，独享表空间存储方式使用“.ibd”文件来存放数据，每个表一个“.ibd”文件，文件存放在和MyISAM 数据相同的位置。共享存储表空间使用ibdata 文件来存放。ibdata 文件可以通过innodb_data_home_dir 和innodb_data_file_path两个参数共同配置组成， innodb_data_home_dir 配置数据存放的总目录， 而innodb_data_file_path 配置每一个文件的名称。也可以不配置innodb_data_home_dir而直接在innodb_data_file_path参数配置的时候使用绝对路径来完成配置。innodb_data_file_path 中可以一次配置多个ibdata 文件。文件可以是指定大小，也可以是自动扩展的，但是Innodb 限制了仅仅只有最后一个ibdata 文件能够配置成自动扩展类型。当我们需要添加新的ibdata 文件的时候，只能添加在innodb_data_file_path配置的最后，而且必须重启MySQL 才能完成ibdata 的添加工作。如果我们使用独享表空间存储方式的话，就不会有这样的问题，但是如果要使用裸设备的话，每个表一个裸设备，可能造成裸设备数量非常大，而且不太容易控制大小，实现比较困难，而共享表空间却不会有这个问题，容易控制裸设备数量。
MySQL物理文件组成:其他文件
system config file
MySQL 的系统配置文件一般都是“my.cnf”，Unix/Linux 下默认存放在"/etc"目录下，Windows 环境一般存放在“c:/windows”目录下面。“my.cnf”文件中包含多种参数选项组（group），每一种参数组都通过中括号给定了固定的组名，如“[mysqld]”组中包括了mysqld服务启动时候的初始化参数，也可以自定义一个参数组名，将相关参数配置在里面，然后调用mysql 客户端api 程序中的参数读取api读取相关参数。
pid file
pid file 是mysqld 应用程序在Unix/Linux 环境下的一个进程文件，和许多其他Unix/Linux 服务端程序一样，存放着自己的进程id。
socket file
socket 文件也是在Unix/Linux 环境下才有的，用户在Unix/Linux 环境下客户端连接可以不通过TCP/IP 网络而直接使用Unix Socket 来连接MySQL。
MySQL Server系统架构：逻辑模块组成
MySQL 可以看成是二层架构，第一层我们通常叫做SQL Layer，在MySQL 数据库系统处理底层数据之前的所有工作都是在这一层完成的，包括权限判断，sql 解析，执行计划优化，query cache 的处理等等；第二层就是存储引擎层，我们通常叫做Storage Engine Layer，也就是底层数据存取操作实现部分，由多种存储引擎共同组成。
MySQL自带工具
mysql
mysql 的功能为用户提供一个命令行接口来操作管理MySQL 服务器。
mysqladmin
提供的功能都是与MySQL 管理相关的各种功能，虽然大部分都可以通过mysql 连接登录上MySQL Server 之后来完成，但是大部分通过mysqladmin 来完成操作会更简单更方便。
mysqldump
功能就是将MySQL Server中的数据以SQL 语句的形式从数据库中dump 成文本文件，包括数据、数据库和表的创建语句。通过“-T”参数可以生成非SQL 形式的指定文本文件，其原理就是MySQL的“select * into OUTFILE from ...”。也可以通过“-d,--no-data”仅仅生成结构创建的语句。在声称SQL 语句时建议每次执行mysqldump 程序的时候都通过尽量做到“--defaultcharacter-set=name”显式指定字符集内容，以防止以错误的字符集生成不可用的内容。
mysqlimport
mysqlimport是特定格式存放的文本数据（如通过“select * into OUTFILE from ...”所生成的数据文件）导入到指定的MySQL Server 中的工具程序，mysqlimport 工具实际上也只是“load data infile”命令的一个包装实现。
mysqlbinlog
mysqlbinlog 程序的主要功能就是分析MySQL Server 所产生的二进制日志（即binlog）。当我们希望通过之前备份的binlog 做一些指定时间之类的恢复的时，mysqlbinlog 就可以找到恢复操作需要做哪些事情。通过mysqlbinlog，我们可以解析出binlog 中指定时间段或者指定日志起始和结束位置的内容解析成SQL 语句，并导出到指定的文件中，在解析过程中，还可以通过指定数据库名称来过滤输出内容。
mysqlcheck
mysqlcheck工具程序可以检查（check），修复（repair），分析（analyze）和优化（optimize）MySQL Server 中的表，但并不是所有的存储引擎都支持这里所有的四个功能。实际上，mysqlcheck 程序的这四个功能都可以通过mysql 连接登录到MySQL Server 之后来执行相应命令完成完全相同的任务。
myisamchk
功能有点类似“mysqlcheck -c/-r”，对检查和修复MyISAM 存储引擎的表，但只能对MyISAM 存储引擎的索引文件有效，而且不用登录连接上MySQL Server 即可完成操作。
myisampack
对MyISAM 表进行压缩处理，以缩减占用存储空间，一般主要用在归档备份的场景下，而且压缩后的MyISAM 表会变成只读，不能进行任何修改操作。当我们希望归档备份某些历史数据表，而又希望该表能够提供较为高效的查询服务的时候，就可以通过myisampack 工具程序来对该MyISAM 表进行压缩，因为压缩后的MyISAM 表仍然可以使用其索引。
mysqlhotcopy
mysqlhotcopy 和其他的客户端工具程序不太一样的是他不是c（或者c++）程序编写的，而是一个perl 脚本程序，仅能在Unix/Linux 环境下使用。他的主要功能就是对MySQL 中的MyISAM 存储引擎的表进行在线备份操作，其备份操作实际上就是通过对数据库中的表进行加锁，然后复制其结构，数据和索引文件来完成备份操作，当然，也可以通过指定“--noindices”告诉mysqlhotcopy 不需要备份索引文件。
其他工具
MySQL还有自带了其他大量的工具程序，如针对离线Innodb文件做checksum的innochecksum，转换mSQL-C-API 函数的msql2mysql，dumpMyISAM全文索引的myisam_ftdump，分析处理slowlog的mysqldumpslow，查询mysql相关开发包位置和include文件位置的mysql_config，向MySQL AB报告bug的mysqlbug，测试套件mysqltest和mysql_client_test，批量修改表存储引擎类型的mysql_convert_table_format，能从更新日志中提取给定匹配规则的query语句的mysql_find_rows，更改MyIsam 存储引擎表后缀名的mysql_fix_extensions，修复系统表的mysql_fix_privilege_tables，查看数据库相关对象结构的mysqlshow，MySQL升级工具mysql_upgrade，通过给定匹配模式来kill客户端连接线程的mysql_zap，查看错误号信息的perror，文本替换工具replace等等一系列工具程序可供我们使用。如果您希望在MySQL源代码的基础上做一些自己的修改，如修改MyISAM 存储引擎的时候，可以利用myisamlog来进行跟踪分析MyISAM 的log。