flexpaper属于flash，而flash默认位于页面的最顶层，这样就会将其它div层遮住，而设置z-index及垂直屏幕的坐标没有任何效果。
解决方法：
在flexpaper_flash.js和flexpaper_flash_debug.js这两个文件的<object></object>标签中加入<param name="wmode" value="transparent"> 这行代码。
var vars = "";
if (conf) {
for (var k in conf) {
if (conf[k]) {
var val = conf[k];
vars += k +'='+ (/function|object/.test(typeof val) ? f.asString(val) : val) + '&';
}
}
vars = vars.slice(0, -1);
html += '<param name="flashvars" value=\'' + vars + '\' />';
}
html += '<param name="wmode" value="transparent">';
wmode属性有三种模式：window、opaque、transparent。
（1）window 模式
默认情况下的显示模式，在这种模式下flash player有自己的窗口句柄，这就意味着flash影片是存在于Windows中的一个显示实例，并且是在浏览器核心显示窗口之上的，所以flash只 是貌似显示在浏览器中，但这也是flash最快最有效率的渲染模式。由于他是独立于浏览器的HTML渲染表面，这就导致默认显示方式下flash总是会遮 住位置与他重合的所有DHTML层。
但是大多数苹果电脑浏览器会允许DHTML层显示在flash之上，但当flash影片播放时会出现比较诡异的现象，比如DHTML层像被flash刮掉一块一样显示异常。
（2）Opaque 模式
这是一种无窗口模式，在这种情况下flash player没有自己的窗口句柄，这就需要浏览器需要告诉flash player在浏览器的渲染表面绘制的时间和位置。这时flash影片就不会在高于浏览器HTML渲染表面而是与其他元素一样在同一个页面上,因此你就可以使用z-index值来控制DHTML元素是遮盖flash或者被遮盖。
（3）Transparent 模式
透明模式，在这种模式下flash player会将stage的背景色alpha值将为0并且只会绘制stage上真实可见的对象，同样你也可以使用z-index来控制flash影片的深度值，但是与Opaque模式不同的是这样做会降低flash影片的回放效果，而且在9.0.115之前的flash player版本设置wmode=”opaque”或”transparent”会导致全屏模式失效。
网上有些资料说其它浏览器(firefox opera etc.) 使用 <embed wmode="transparent" />在embed节点中加入wmode值。我这边没有出现这样的情况，就没有加入embed这个标签。
令：我在显示flexpaper时遇到了firefox无法显示，而其它浏览器均可显示的情况，经过研究发现是没有加入ZoomTransition : 'easeOut'这个参数，加上即可。
现总结flexpaper常用参数如下：
SwfFile (String) 需要使用Flexpaper打开的文档
Scale (Number) 初始化缩放比例，参数值应该是大于零的整数
ZoomTransition (String) Flexpaper中缩放样式，它使用和Tweener一样的样式，默认参数值为easeOut.其他可选值包括: easenone, easeout, linear, easeoutquad
ZoomTime (Number) 从一个缩放比例变为另外一个缩放比例需要花费的时间，该参数值应该为0或更大。
ZoomInterval (Number) 缩放比例之间间隔，默认值为0.1，该值为正数。
FitPageOnLoad (Boolean) 初始化得时候自适应页面，与使用工具栏上的适应页面按钮同样的效果。
FitWidthOnLoad (Boolean) 初始化的时候自适应页面宽度，与工具栏上的适应宽度按钮同样的效果。
localeChain (String) 设置地区（语言），目前支持以下语言。
en_US (English)
fr_FR (French)
zh_CN (Chinese, Simple)
es_ES (Spanish)
pt_BR (Brazilian Portugese)
ru_RU (Russian)
fi_FN (Finnish)
de_DE (German)
nl_NL (Netherlands)
tr_TR (Turkish)
se_SE (Swedish)
pt_PT (Portugese)
el_EL (Greek)
da_DN (Danish)
cz_CS (Czech)
it_IT (Italian)
pl_PL (Polish)
pv_FN (Finnish)
hu_HU (Hungarian)
FullScreenAsMaxWindow (Boolean) 当设置为true的时候，单击全屏按钮会打开一个flexpaper最大化的新窗口而不是全屏，当由于flash播放器因为安全而禁止全屏，而使用flexpaper作为独立的flash播放器的时候设置为true是个优先选择。
ProgressiveLoading (Boolean) 当设置为true的时候，展示文档时不会加载完整个文档，而是逐步加载，但是需要将文档转化为9以上的flash版本（使用pdf2swf的时候使用-T 9 标签）。
MaxZoomSize (Number) 设置最大的缩放比例。
MinZoomSize (Number) 最小的缩放比例。
SearchMatchAll (Boolean) 设置为true的时候，单击搜索所有符合条件的地方高亮显示。
InitViewMode (String) 设置启动模式如"Portrait" or "TwoPage".
ViewModeToolsVisible (Boolean) 工具栏上是否显示样式选择框。
ZoomToolsVisible (Boolean) 工具栏上是否显示缩放工具。
NavToolsVisible (Boolean) 工具栏上是否显示导航工具。
CursorToolsVisible (Boolean) 工具栏上是否显示光标工具。
SearchToolsVisible (Boolean)
工具栏上是否显示搜索。