刚接触IPSec的时候，一直很奇怪，为什么要做两阶段的协商？先协商出来一个IKE SA，然后再IKE SA的基础上协商出来一个IPSec SA。直接一步到位协商出IPSec SA不是很好吗？但是在实际应用中，直接协商IPSec SA就显得不是那么有效率了。打个比方，某公司A有个子公司B，为了方便子公司B的员工访问总公司A的内部数据，在双方的安全网关上部署VPN，使用IPSec进行数据加密。如果双方都使用IKEv1，而且只有一个协商阶段，直接协商出IPSec SA，那么每一次协商可能都需要6个Main Mode消息和3个Quick Mode消息。这样会产生大量的协商消息，降低了网络的利用率。而如果采用两阶段协商，只需要在网关间协商出一个IKE SA，然后用这个SA来为应用数据流协商IPSec SA，那么每个IPSec SA只需要一个Quick Mode即可。所以，两阶段的好处在于，可以通过第一阶段协商出IKE SA用作IPSec SA协商的载体，从而减少IPSec SA协商的开销。
那么IKE SA和IPSec SA的区别在哪儿呢？从定义上来看，IKE SA负责IPSec SA的建立和维护，起控制作用；IPSec SA负责具体的数据流加密。比如一个HTTP请求，可能最终需要用到IPSec SA定义的ESP协议和相关ESP加密算法。
IKE SA和IPSec SA协商的内容也是不一样的，如下：
1. IKEv1的IKE SA协商内容
参考：http://www.iana.org/assignments/ipsec-registry
a. 加密算法
b. 哈希算法
c. 认证方法 - 如证书认证、Pre-shared Key
d. PRF算法 - 用来产生加解密密钥
e. DH算法和参数
f. Key长度 - 某些算法，如AES-CBC的key长度是可变的，可以通过Attribute来协商Key长度
g. SA的生存时间
2. IKEv2的IKE SA协商内容
参考：http://www.iana.org/assignments/ikev2-parameters/ikev2-parameters.xml
a. 加密算法
b. PRF算法
c. Integrity算法
d. DH算法
e. ESN - Extended Sequence Numbers
3. IPSec SA的协商内容
参考：http://www.iana.org/assignments/isakmp-registry
a. ESP加密算法或AH完整性算法
b. 加密模式
c. 认证算法
d. SA生存时间
e. 压缩算法
f. DH算法和参数
g. 加密密钥长度
h. 认证密钥长度
以上均有部分内容是可选的，不是所有的参数都必须协商。上面的三个链接里都详细描述了IANA对每个阶段SA协商用到的参数，比如算法的编号等等。