官方文档可以参考 http://docs.unity3d.com/Documentation/Manual/ExternalVersionControlSystemSupport.html
对于文件的版本管理这个事，Unity默认是支持Asset Server，但也提供了对其他外部版本管理工具的支持。
Asset Server是目前Unity内部自带的资源版本管理工具，类似于我们平时所熟知的SVN，perForce。所谓外部版本管理工具的意思，就是除了Asset Server外的其他版本管理工具，比如SVN等。
本文针对 Unity3D 4.3 版本截图，其他版本自行参考研究。
在项目文件 check in 到SVN前，需要让Unity改变一下结构。步骤为：Edit > Project Settings > Editor，在Inspector 里 Version Control Mode 一栏默认模式是"Hidden Meta Files"，改成 “Visible Meta Files”，这样每个文件都会有一个 .meta 文件配合管理，删除或移动时记得要将 X.X 文件和 X.meta 文件一起移动或删除或更新等。
将项目文件 check into 进SVN时，要将 Assets，ProjectSettings 这2个文件夹 add 进去。Library 文件夹里放着本地缓存的文件，不要 add 进去。
创建项目及导入到SVN的流程大致如下：
1 创建新项目，加入你要加的文件
2 通过 Edit->Project Settings->Editor，让你的 Meta files 生效
3 退出Unity，是为了保证所有该保存的东西都保存了
4 删除 Library 文件夹
5 将整个项目导入SVN
6 将本项目删除，重新从SVN中 Check out 出这个项目的所有文件，放在原来的位置上。记得确保 Assets，ProjectSettings 这2个文件夹都处于SVN的管理下
7 Open the checked out project with Unity by launching it while holding down the Option or the left Alt key. Opening the project will recreate the Library directory in step 4 above. （这个没试过，不知道啥意思，再议。。。大概是说check in前把Library目录也干掉吧，反正以后打开项目能自动生成的）
PS, 设置Asset Serialization的Mode为Force Text，表示以纯文本形式保存unity文件。Mixed和Force Binary都是二进制，不利于版本管理。