1. 软件介绍和特性
JabRef 是一个开源的参考文献管理软件，使用 Java 语言编写，所以天生具有跨平台特性，通用于安装有 Java 支持的 Windows, Linux 和 Mac，软件主页在：http://jabref.sourceforge.net/。它可以很方便地管理下载到本机的文献，生成 BibTeX 文献数据库，供 LaTeX 或其它软件使用，可以与 Kile, Emacs, Vim, WinEdt 等多种软件结合使用。JabRef 适合什么人使用？总的来说 JabRef 最大的特点就是使用 BibTeX 格式的数据库，所以它最适合 LaTeX 用户使用；如果仅仅使用它的管理功能，也可以用于本地电子书的管理；对于使用 M$ Office 写论文的用户来说，EndNote 是一个选择，如果你有钱买他的正版软件的话，那也是不错的，盗版的用户就不用说了，它也能集成到 M$ Word 中，效果怎样就不得而知了。
Choose It Or Give it Up ,that is a Question.
总之，优点多多，缺陷也有，决定权在你。
1） 免费开源软件，使用Java语言编写，支持Windows、Linux、Mac等多个平台。可以选择安装版本或是免安装的JAR版本（前提是电脑已有Java环境支持）。
2） 支持在线抓取和更新题录。最新的JabRef 2.7版本已支持如下图所示的，CiteSeer、JSTOR、SPIRES、IEEEXplore、ArXiv.org、ACM Portal、Medline等电子资源数据库的文献查找和索引自动导入功能。
2. 建立数据库
JabRef 的文献数据库是纯文本的 bib 文件，可以将该数据库文件放在该主题文献的目录下。比如要建立一个 liver 方向相关文献的数据库，只需建立一个liver目录，在 JabRef 中选择 File->New Database，然后 Ctrl-s，将该数据库起名 liver.bib，保存在liver目录下。然后将 File->Database properties 中的 Database Encoding 设置为 UTF-8（这是因为论文的作者可能是老外和我们会经常用中文写些注释，所以最好用国际化的字符集）， Directory 都设置成点号 .（表示当前目录，这样你就可以将整个目录打个包，扔到另一台 Linux/Win/Mac 机器上照常使用）。
3. 导入文献条目
文献数据库的内容自然是一篇一篇的论文，每篇论文在数据库中占一条记录。那么如何添加论文呢？自然不必全部手工添加，几乎所有的数据库在提供论文下载的同时都有该论文 citation 信息的下载，下面这张图上是计算机科学类常用数据库网站的 citation 下载链接示例。也许你以前不知道它们是做什么用的，但你总能在文章下载页面的某个地方找到它们。
聪明如你，肯定知道该怎么做吧。点开 citation 的链接，将内容保存为相应的文件名。比如 BibTeX 格式的 citation 信息，将其保存到名为 xxx.bib 的纯文本文件中，然后到 JabRef 里选择 File->Import into current database，将该文件导入当前数据库，你就会发现数据库中多了一条记录。当然，JabRef 支持很多 citation 信息格式，但是既然 JabRef 采用 BibTeX 格式管理数据库，我们还是尽量下载 BibTeX 格式的 citation。
每次只导入一条记录未免太麻烦了些，由于很多参考文献信息都是纯文本格式的，那么我们可以将很多条记录分段拷贝到 xxx.bib(或者 xxx.ris 等) 里，然后集中导入。
对于医学工作者而言，你们有福了，如果你知道参考文献的具体名称，或者文章的作者，可以直接按下F5，在出现的medline引文数据库中就可以直接查询下载。
对于经常查询cnki，可将查询结果输出为endnote格式，然后导入jabref中即可。如下图所示
1,输入一定的查询条件，得到相应的文档目录，勾选相应的文档序号的复选框，点击存盘。
2,点选左侧的Endnote格式，然后点击输出到本地文件。就会出现相应的下载窗口，得到的文件为txt文档。
3,进入jabref，然后按下CTRL+I，选择刚才下载的txt文档，弹出导入窗口，然后生成一个参考文献的数据库。
如果你已经下载到了论文的 pdf 文件，知道论文的标题名和数据库名，那么你就不用再去网站下载 citation 信息，可以直接在 JabRef 中用标题名搜索该论文。比如你知道论文标题叫做 A Survey of xxxxxxx，可以从 IEEEXplore 数据库中获得，那么你可以直接在 JabRef 中选择 Web search->Search IEEEXplore，然后用标题名搜索，点 Fetch，就可以直接得到 citation 信息（但搜索可能出现错误，那么你就需要用 Google Scholar 并且到论文网站上下载了）。
4. 管理文献条目
文献数据库的条目建立起来了，但是这只是一些 citation 和 abstract 信息，那么如何将下载下来的论文 pdf/ps 文件和它们对应的条目关联起来呢？
只需要将下载下来论文的文件名保存成特定的格式，一种方法是文件名中包含 BibTeXkey，如果是 A. Yao 在 2005 年发表的文章，文件名就起为 xxx-Yao2005-yyy.pdf；一种方法是文件名包含论文名。然后修改匹配规则：Options->Preferences->External Programs->Use Regular Expression Search 文本框，比如在当前目录下匹配包含 BibTeXkey 的文件：“./.*[bibtexkey].*\\.[extension]”，在当前目录下匹配包含论文名的文件：“./.*[title].*\\.[extension]”，在子目录中匹配包含 BibTeXkek 的文件：“**/.*[bibtexkey].*\\.[extension]”。如果我们把文献数据库 bib 文件和 pdf 文件放在同一目录下，只需要使用在当前目录下匹配即可。
文件名和匹配关系修改好了，那么我们就可以将论文记录关联到文件了。如果是一次导入很多文献，可以使用批量处理：Tools->Scan database->Sychronize file links，但是同步的时候不要选择 Check existing file links，那样会很慢；处理单一记录的方法是：双击某论文条目，或者选中后按 Ctrl-e，就可以编辑该条目。进入 General 选项卡，在 File 条目后面点 Auto，JabRef 就会按照匹配规则搜索匹配的文件，关联到该条目。如果能搜索到 pdf 文件，关联后该条目的前面会出现一个 pdf 图标，点击该图标，就可以直接打开该论文的 pdf 文件。除了自动匹配以外，也可以使用 Auto 旁边的 + 号手动添加文件。
当然了，文献条目的其它信息我们也可以编辑。比如 ACM 的 BibTeX 中往往不包含摘要信息，我们可以在 Ctrl-e 以后的 Abstract 选项卡中添加对应论文的摘要信息；Springer 的 ris 信息往往过于简单，我们也可以通过网页信息添加一些条目；如果你对某篇文献有深刻印象或者想记一下笔记，可以在 Review 选项卡中记录下自己的想法。
在一个文献数据库中，文献还可以分组。View->Toggle groups interface，可以新建、修改分组，这样有一个好处是可以将该数据库所属大方向的很多小方向分组浏览，对初期准备了解研究方向大致轮廓的研究人员很有帮助。
5. 与 vim 结合使用
可以与Latex，Emacs，WinEdt等相应的软件联合使用，实现参考文献的推送功能。
6. 其它应用
总的来说，JabRef 的作用主要是参考文献管理工具，但是也可以使用它来做一些其它的工作，比如个人数字图书馆。每个人电脑里可能都有一些电子书，有的人特别多。为了查阅方便，一般都会把电子书分门别类放到一个目录树中，每次找文件都要进到很深的目录下；有时候为了系统兼容性，避免使用中文文件名，理解一个文件对应哪本电子书成为一件痛苦的事。如果使用 JabRef 作为文件管理工具，就可以根据作者，书名排序或者直接检索，会方便很多。