由于不知道怎么操作导致了，用MyEclipse部署Tomcat后，Tomcat里的项目文件大小比MyEclipse的文件大小还增加了一倍。还有就是用MyEclipse打包项目成war包也是大小变大了一倍。于是我逐个文件夹查看是怎么回事，发现classse文件超大。
大家注意图中的路径：C:\Program Files (x86)\Apache Software Foundation\Tomcat 7.0\webapps\SchoolDay\WEB-INF
按道理，所有的java文件的class文件都在classes文件夹里。但是点进去过后是这样的。
竟然多了不该有的东西，.settings和src还有webroot文件夹。这些文件夹应该在更目录的时候才会有才对。于是我点击WebRoot进去。惊呆了。
注意看路径，进入WebRoot后，竟然又是根目录。这就是文件增加了一倍的原因。于是我再点击WEB-INF，再进classes去看。最终如图：
我都惊呆了。起初找死找不到原因，而且打包 到服务器上还报错了，但本机运行没问题。我真的是要崩溃。
于是，我是了一下其它的项目，其他项目没问题。于是我就对比配置文件。配置文件就只有.classpath和.project和.settings里的文件。
两个项目的配置文件对比，发现了在.settings中的org.eclipse.wst.common.component文件有差异。如图：
我的项目多了一行：source-path=”/”的。于是我将这一行复制粘贴到我新创建的项目对应文件位置里，再部署tomcat，结果重现了重复classes文件夹的现象。于是找到了根源。就把这行去掉就行了。
总结：当自己的项目出现非正常现象时，新建一个项目看看，是否有差别。慢慢查看配置文件。
PS：我也不知道我弄了啥，会导致配置文件里多了这一行。在网上找了很久没人和我遇到同样的情况，导致我郁闷了两天。于是把解决方法发出来，希望能够帮到别人。