环境变量PATH设置 No such file or directory

在使用脚本提交任务时,出现错误提示,导致下面的命令无法执行。

 错误如下:

 没有找到这个文件或文件夹,换句话说就是给的路径是错误的,电脑识别不了。

  回头去查看自己提交的命令,如果是文件路径错误的话,就有了针对性,缩小范围了。

提交的命令如下:

这是我的变量设置,出现错误。

 这里的解决办法是:

   将cz2.sam更改为cz2sam

  将ref.fa更改为ref    即可正确运行。

原因是在=的前面不能有符号。

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总结一下:1.在文件路径这一块,遇到过几次问题,一般文件路径报错是找不到该文件,那就重点排查文件路径。

2.PATH,这个实在是太重要了,把鸟哥的私房菜中第11章环境变量设置好好看一看。变量的设置规则:

变量和变量必须以等号=来连接;

等号两边不能含有空格符;

开头字符不能是数字,可以字母开头加上数字;

双引号实现变量里的变量,如me=apple,“want=i eat $me”,echo$want可得 i eat apple 。

单引号则是让变量失效,如`want=i eat $me` 更换成单引号,echo$want可得i eat $me 。

 使用转义符“\”,注意方向,不是linux下的根目录,可以让($    \   !   空格等 )变成一般字符。这里有意思的是 \\可以让自身失效。

在已有变量的基础上再增加变量,典型的用法是环境变量PATH,可用“$变量名称”或${变量名称}累加内容。 如PATH=“$PATH”:/bin/bash/,这里用到刚才的双引号。

通过export使变量变成环境变量,export   “echo  $PATH:/bin/bash” >>~/.bashrc

一般而言,大写字母是系统默认变量,小写是自行写的变量

 使用env 查看所有的变量

取消变量,使用unset 变量名称

面的变量不能含有其他符号

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