在Eclipse中只有package name的概念，没有application ID。而在Android Studio 中把package name 拆分为了两部分package name和application ID。
Android Studio 中的application ID和Eclipse中的package name在手机设备中和市场中代表了应用的唯一性，如果在设备中和市场中已安装过应用，下次升级安装时application ID必须保持一致，如果更换了application ID，设备和市场会认为该应用为一个新的应用。
在Module的build.gradle文件中可以看到application ID，也可以在这修改。如下：
defaultConfig { applicationId "com.android.app" minSdkVersion 15 targetSdkVersion 23 versionCode 1 versionName "1.0" }
只要修改了这里的applicationId，就代表这是一个新的应用了。
在开发项目中可能需要在一个手机上同时安装测试版和正式版，这时就可以通过简单修改applicationId来实现。
默认情况下android studio中的package name 和applicationId是一样的，在AndroidManifest.xml 文件中可以看到，如下：
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" package="com.android.app">
这里package必须和项目中的包名一致，应用生成的R.java类的命名空间与此对应，比如上面的AndroidManifest.xml的R类名称是com.android.app.R，另外manifest文件中声明的类名也与此对应，android:name=".MainActivity" 表示android:name="com.android.app.MainActivity"
如果要修改package name（一般不会遇到这种情况），最好的方法是在AndroidManifest.xml 文件用快捷键shift+f6来修改package。
总的来说，在Android Studio中修改applicationId更简单，使用起来也更方便。
BuildType 中所设置的『applicationIdSuffix』属性，按照这个属性的字面翻译为：『applicationId 的后缀』
Android 应用都有自己的包名。包名是设备上每个应用程序的唯一标识，同样也是 Google Play 商店里的唯一标识。就是说，假如你已经使用某个包名来发布应用，就不能再去改变应用的包名，因为这样做会导致你的应用被视为一个全新的应用，你现有的用户也不会收到应用的更新通知。
旧版（不推荐）
旧版的 Android Gralde 构建系统中，应用的包名由 manifest 中根节点的 package 属性决定：
AndroidManifest.xml:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
package="com.example.my.app"
android:versionCode="1"
android:versionName="1.0" >12345
然而，这里所定义的 package 还有另一个作用：用来命名资源类 R（以及用于解析相关的 Activity）。在上面的示例中，最终生成的 R 类为 com.example.my.app.R，所以如果你在其他包中的代码需要引用资源，对应的 .java 文件需要导入 com.example.my.app.R。
新版（推荐）
新的 Android Gradle 构建系统中，你可以轻松地构建多个不同版本的应用。例如，你可以同时构建免费版和专业版的应用（使用 productFlavors），并且它们在 Google Play 上也应该要有不同的包名，这样它们就能够在同一设备上安装并且能够单独购买使用等等。同样的，你也可以构建 “debug”、“alpha”、“beta” 版的应用（使用 build type），它们也同样可以有唯一的包名。
同时，代码中引用的 R 类要保持不变；在构建不同版本的应用时，对应的（引用了 R 的） .java 源文件也不能改动。
因此，我们将包名的两种作用解耦：
“application id” 对应 apk 中 manifest 定义的应用包名，同时用于设备以及 Google Play 的应用唯一标识。
“package” 用于在源码中引用 R 类以及解析注册相关的 activity/service，对应 Java 的包名概念。
你可以在 Gradle 文件中指定 application id，如下所示：
app/build.gradle:
apply plugin: 'com.android.application'
android {
compileSdkVersion 19
buildToolsVersion "19.1"
defaultConfig {
applicationId "com.example.my.app"
minSdkVersion 15
targetSdkVersion 19
versionCode 1
versionName "1.0"
}
像以前一样，你需要像前面的 AndroidManifest.xml 示例在 Manifest 中指定给代码用的 “package”。
关键部分：参照上面的做法，即能解耦 applicationId 和 package。意思是你能够完全自由地重构你的代码，改变用于 Activity 和 Service 的内部包，改变 Manifest 的 package，重构导入语句。这都不会影响到 app 的最终 id，app 的 id 对应 Gradle 文件中 applicationId 的值。
你可以通过以下的 Gradle DSL 方法来为不同的 flavor 和 build type 定义不同的 applicationId：
app/build.gradle:
productFlavors {
pro {
applicationId = "com.example.my.pkg.pro"
}
free {
applicationId = "com.example.my.pkg.free"
}
}
buildTypes {
debug {
applicationIdSuffix ".debug"
}
}
(在 Android Studio 中，你可以通过 Project Structure 图形化界面来进行这些配置。)
注意：出于兼容性考虑，如果没有在 build.gradle 文件中定义 applicationId，那么 applicationId 将默认为 AndroidManifest.xml 中所指定的 package 的值。在这种情况下，applicationId 和 package 显然未解耦，此时重构代码也将会更改应用的 id ！在 Android Studio 中，新建的项目会指定这两个值。
注意：package 始终必须在默认 AndroidManifest.xml 文件中指定。如果存在多个 manifest（例如一个 flavor 有特定的 manifest 或一个 buildType 有特定的 manifest），package 可不指定，但如果被指定，必须和主 manifest 中指定的 package 完全相同。