新的apktool的下载地址已经移动到了github上，http://ibotpeaches.github.io/Apktool/，如果想研究这个工具的源代码，也可以从https://github.com/iBotPeaches/Apktool下载完整的源代码来研究和学习。常用的用法如下：
反编译APK文件：
java -jar apktool.jar d target.apk
重新打包APK文件(源文件是上一步解压出来的target目录)
java -jar apktool.jar b target updated_target.apk
但是这样重新打包出来的文件是没法在手机上安装的，因为还没有为程序重新签名。（关于APK文件的签名可以参考我的另一篇博文：Android APK文件签名机制 ）
要为程序重新签名，就要使用另外的一个工具
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为重新打包APK文件添加签名（一般是添加自己的签名，而反编译的程序的原始签名文件已经没法得到了），可以使用signapk进行签名，命令格式为：
java -jar signapk.jar updated_target.apk publickey.pem privatekey.pk8 updated_target.apk signed.apk
这个工具是android自带的，可以在android的源码中找到。也可以使用下载apk-signer工具，这是一个图形话的签名工具。
java -jar apk-signer.jar
这会打开一个图形界面，在界面上选择好自己的公钥，私钥和目标apk，就可以对文件进行签名。