LUNA16数据集(三)预处理

在(一)和(二)中简单介绍了LUNA16数据集的组成,以及肺结节的可视化,有了对数据集的基本了解后,还要对数据集进行预处理,计算机视觉中原始数据一般不会直接送入神经网络,这里也是如此。

这篇博客想写已经有好久了,迟迟没有动笔,还是因为自己看过几个版本的预处理,有些地方有些混淆,有些地方犹豫该采取哪种方法,最近思路逐渐理清,遂决定动笔。

首先说一个前提,LUNA16数据集附带了一个seg-lungs-LUNA16的文件夹,里面是所有case(此处case指一个病例,也就是一张CT图像,由好多张切片组成)的mask,用来剔除与肺部无关的区域,但是通常来讲拿过来一个case,是不会有mask的,LUNA16还是为参赛选手降低了难度,不过在DSB2017中就没有mask,选手需要自行生成mask。

前提说完,就说说预处理需要哪些步骤吧。

大致来讲,共有以下三步。

  1. 将CT图像灰度数值转为HU值,HU值指的是人体组织器官对辐射的透光性,越是不透光,值越高,比如骨头的值就非常高。这里附一张HU值表,里面有常见的组织器官的透光性。顺便说一句,LUNA16的数据已经处理成HU值,真是很人性化了。
  2. 生成mask,这一步的处理方法我看过两种,一种训练一个分割网络,然后对每张切片进行分割,另一种是阈值化,第二种更简单些,我倾向于使用第二种,这也是DSB2017第一名的方案。下面就说一下方案二,阈值化采取的阈值不是随便定的,这里采取-600,这样水,空气基本就被过滤掉了,剩下的部分,进行以下膨胀处理,将肺部内部的小孔洞填上,这样,一张mask就完成了,简洁高效。
  3. 归一化,首先将所有体素的值截取到-1200~600这个范围,小于-1200的设为-1200,大于600的设为600,然后再缩放至0~255,最后再加上mask。

完结撒花~

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转载自www.cnblogs.com/wzyuan/p/9461827.html
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