InnoDB是MySQL的默认事务型引擎，也是最重要，使用最广泛的存储引擎。他被设计用来处理大量的短期事务，短期事务大部分情况是正常提交的，很少会被回滚。InnoDB的性能和自动崩溃回复特性，使它在非事务型存储的需求中也很流行。除非有非常特别的原因需要使用其他的存储引擎，否则应该优先考虑InnoDB引擎。
InnoDB的数据存储在表空间（tablespace）中，表空间是由InnoDB管理的一个黑盒子，由一系列的数据文件组成。在MySQL4.1以后的版本中，InnoDB可以将每个表的数据和索引存放在单独的文件中。InnoDB也可以使用裸设备作为表空间的存储介质，但现代的文件系统使得裸设备不再是必要的选择。
InnoDB采用MVCC来支持高并发，并且实现了四个标准的隔离级别。其默认级别是REPEATABLE READ(可重复读)，并且通过间隙锁（next-key locking）策略防止幻读的出现。间隙锁使得InnoDB不仅仅锁定查询设计的行，还会对索引中的间隙进行锁定，以防止幻影行的插入。