FVCOM安装

本人以前未接触过FVCOM相关，甚至都不知道FVCOM 是干什么的，但是领导要我安装部署FVCOM ，因此，作为菜鸟程序员，不管FVCOM架构及如何使用，单纯站在程序员角度安装部署FVCOM环境。

FVCOM（An Unstructured Grid, Finite-Volume Coastal Ocean Model，无结构网格有限体积海洋海岸模型），包含多种生态、海洋等模型（只知道用处很多哈☺）。下面正式讲FVCOM安装：

一、 FVCOM 获取；

在官网获取与实际应用所需的版本，解压缩，得到文件结构如下：

二、FVCOM安装/编译到运行共包含五个步骤：

前提：官网文档上FVCOM编译及其简单，未说明其前提，需保证编译了libs下的五个库件，且生成的文件需放在make.inc中指定的路径下；未编译成功，会报各种乱七八糟的错。

1. 编译源码

编译源码有两种途径，手动和自动；对于自动编译，运行configure.sh脚本，使其重建“make.inc”文件。运行命令如下：

进入Configure路径，对于串行环境：./configure.sh series；

对于并行环境：./configure.sh parallel。

注：执行configure，前提需保证系统安装了mpicc（作用：Compiles and links MPI programs written in C）；mpich安装见附录。

编译之后，修改FVCOM_source目录下的make.inc文件（根据需求选择）；

（1）必须指定“TOPDIR”,”LIBDIR”,”INCIDR”。 TOPDIR一般为make.inc所在路径，本文为：/home/FVCOM3.1.6/FVCOM_source；

其他两个可为默认，这两个路径是库文件和include文件路径，该路径包含FVCOM所依赖的库，即：编译libs文件下的5个库，产生的.a等文件需保证在上图指定的LIBDIR和INCCDIR内，若该路径没有，需要将产生的文件复制到该路径。编译成功包含的文件如下：

（2）修改FVCOM_source目录中的make.inc中编译器相关的段落（这里需根据你编译器的具体情况指定）

（3）最后在FVCOM_source目录下执行make，编译成功会生成fvcom文件。

错误及解决方案集锦：
（1）执行make，出现错误，显示gcc: no input files.
解决方案：进入FVCOM_source目录中的make.inc,找到local install模块下的LIBDIR and INCDIR路径，去掉其注释符，再make。
（2）make，出现错误，显示：
make[2]: *** [ncvalues.lo] 错误 1
make[1]: *** [install-recursive] 错误 1
make: *** [all] 错误 2
解决方案：根据Entering directory进入目录，vi ncvalues.cpp，
#include <string>改为#include <string.h>
（3）make，出现错误，显示：
/usr/bin/ld: cannot  find –lmetis 。
原因：是libs未编译成功。
解决方案：查看本文libs编译部分；进行libs编译。
（4）make，出现新问题： collect2: error: ld returned 1 exit status。
可能原因：函数需要其他库文件或实现；缺少库文件；多个库文件链接顺序（source目录下的Makefile里有指出必要时需更改库文件顺序）；也是make，出现新问题4： collect2: error: ld returned 1 exit status。可能原因：函数需要其他库文件或实现；缺少库文件；多个库文件链接顺序（source目录下的Makefile里有指出必要时需更改库文件顺序）；
解决方案：查看本文libs编译部分；进行libs编译。

（4）若想使用fvcom的预处理包，进入FVCOM_source-》input，执行make all命令；

2.产生运行清单

（1）新建与FVCOM_source并行目录run；将fvcom复制到run目录，或为fvcom可执行文件创建软链接，创建软链接命令：

ln –s /home/FVCOM3.1.6/FVCOM_source/fvcom /home/FVCOM3.1.6/FVCOM_source/run/fvcom

（2）执行./fvcom；桌面显示信息；

（3）继续执行./fvcom --CREATE_NAMELIST blank，产生blank_run_nml。根据需求修改该文件中参数，并重命名。

3.准备输入文件

输入文件有两种格式，一种ASCII格式，包含文件：

另一种是netcdf文件格式，除以上指出的dat文件外，其他输入文件都必须为netcdf文件格。（FVCOM提供MATLAB预处理程序，帮助用户创建netcdf文件）

4.运行FVCOM

串行：./fvcom --casename=your casename

并行：进入run目录。执行：

mpiexec -n “cpu num” ./fvcom --casename=your casename。其中，“cpu num”是并行进程数。

5.监控FVCOM性能

6.注意事项

若FVCOM应用于多处理器环境，则需编译METIS库。，METIS图表分区库用于执行FVCOM并行化的主要分解部分，该库程序以c语言编码，且必须从主代码中单独编译。若FVCOM未应用于多处理器环境，则没必要编译这些库文件。

步骤：

编辑METIS source 目录下的makefile，指定C编译器，未避免兼容性，推荐与Fortran 编译器出自同一公司。
使用make编译，若成功，则生成“libmetis.a”。

三、附录

附录1：编译libs库

进入FVCOM_source下的libs，在该路径下make。

问题：出现 /bin/sh: ./untar.sh :Permission denied 错误，修改该文件权限解决该问题：chmod 777 untar.sh。
继续make，出现新问题：--log2错误；
解决：将 kmetis.c kvmetis.c util.c proto.h rename.h 这些文件里的log2 全部改成 ilog2即可。

注意：若一直不成功，则需要单独编译libs下的几个库。

附录2：安装netcdf

make check，遇到一个关于sfc_pres_temp_rd.cpp的错误，

需进入netcdf3.1.6/examples/CXX目录，vi sfc_pres_temp_rd.cpp，

改为：

#include <iostream>
#include <string.h>
#include <netcdfcpp.h>

附录3：MPICH安装

1. 安装包下载http://www.mpich.org/downloads/

2.解压并配置环境

进入安装包所在的目录下，运行tar xzvf mpich-x.x.x.tgz解压；
切换到解压出来的包目录下进行 configure编译环境配置，./configure --prefix=/usr/local/mpich-x.x.x CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort

3.安装：make make install

4.添加环境变量

修改/root/.bashrc 文件，添加 export PATH=$PATH:/usr/local/mpich-3.2.1/bin
export MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich-3.2.1/man
#export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib添加库共享路径 .

5. 验证：在源码包examples目录下，输入：

mpirum –np 3 /home/mpich-3.2.1/examples/cpi

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