R安装，R包安装

系统：除了windows

R安装

方法一：

下载R 安装包（下载路径：https://cran.rstudio.com/src/base/R-3/）
 

./configure; make; make test; make install

./configure --prefix=你想安装路径 ; make; make test; make install （非root ）

方法二：

Linux下也可以通过相应的yum或者apt-get进行安装；

eg: apt install R

这种方法的弊端是安装的R程序太old或缺失额依赖包太多，做好折腾安装依赖包的准备；

值得注意安装依赖包后写入环境；

安装curl包： 

cd ~/src

 wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz

 tar xzvf curl-7.61.0.tar.gz

 cd curl-7.61.0

 ./configure --prefix=/HOME/packages

 make -j3

 make install

设置安装好的包的环境变量（重要）：
 

 export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH

 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$LD_LIBRARY_PATH

 export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"

 export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"

方法三：推荐用Conda

（简单、方便，可选择版本）

简要说明

##linux系统，下载 https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

$ source ~/.bashrc

## 查看可用的软件包
$conda search <软件包>

## 安装软件包
$conda install <软件包>


## 安装指定版本的R
$ conda search R
Loading channels: done
# Name                  Version           Build  Channel             
r                         3.1.2               0  pkgs/r              
r                         3.1.2               1  pkgs/r              
r                         3.1.2               2  pkgs/r              
r                         3.1.2               3  pkgs/r              
r                         3.1.3               0  pkgs/r              
r                         3.2.0               0  pkgs/r              
r                         3.2.1               0  pkgs/r              
r                         3.2.2               0  pkgs/r              
r                         3.3.1        r3.3.1_0  pkgs/r              
r                         3.3.1        r3.3.1_1  pkgs/r              
r                         3.3.2        r3.3.2_0  pkgs/r              
r                         3.4.1        r3.4.1_0  pkgs/r              
r                         3.4.2      h65d9972_0  pkgs/r              
r                         3.4.3        mro343_0  pkgs/r              
r                         3.4.3          r343_0  pkgs/r  

$ conda install r=3.4.2

R包安装

通过R进入命令行

# 1
>options(CRAN="http://cran.r-project.org")
> install.packages("R包")


# 2
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("R包")

# 3
install.packages("下载到本地R包的全路径",contriburl=NULL)