第一种方法：需配置环境变量
第一个tomcat
配置CATALINA_HOME环境变量指向tomcat安装目录
比如：E:\sdfxw\tomcat5-sdfxw
配置环境变量path指向%CATALINA_HOME%\bin
在命令行中进入/Tomcat路径/bin/，执行“service.bat install【服务名】 到此为止windows服务上就增加了一个tomcat服务
安装第二个tomcat
配置CATALINA_HOME2环境变量指向另一个tomcat目录
配置环境变量path指向%CATALINA_HOME2@%\bin
进入tomcat的bin目录找到catalina.bat，startup.bat，service.bat
把其中的CATALINA_HOME全部替换为CATALINA_HOME2
在命令行中进入第二个/Tomcat的路径/bin/，执行“service.bat install”：（开始-运行,输入cmd,cd Tomcat路径/bin,service.bat install）。到此为止windows服务上就增加了一个tomcat服务
到此为止两个tomcat配置完毕
当然，需要修改tomcat的端口，这点在这里不再多言
第二种方法
适用于Tomcat4.1、5.5、6.0。
解压版的Tomcat安装，参见：http://www.blogjava.net/fastunit/archive/2008/05/22/202112.html
因为解压缩版的Tomcat，在windows服务上没有启动项，所以需要手动添加，然后可以设置开机启动tomcat。
一、安装服务
在命令行中进入/Tomcat路径/bin/，执行“service.bat install”：（开始-运行,输入cmd,cd Tomcat路径/bin,service.bat install）。到此为止windows服务上就增加了一个tomcat服务
说明：
1、服务名和显示名称：service.bat中设置了默认的服务名称，不同版本分别命名为Tomcat4、Tomcat5、Tomcat6，如果需要自定义服务名或服务的显示名称，可在service.bat中修改SERVICE_NAME或PR_DISPLAYNAME；
2、防火墙的影响：/bin/tomcat6.exe（或tomcat4.exe、tomcat5.exe）将被作为服务程序，如果有防火墙，需要设为允许作为服务。
二、卸载服务
在命令行中进入/Tomcat路径/bin/，执行“service.bat remove”：
三、命令行参数
Tomcat的服务名、Jvm内存初始值和最大值等可通过命令行参数设置，请参考官方文档：
http://tomcat.apache.org/tomcat-5.5-doc/windows-service-howto.html
http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/windows-service-howto.html
四、开机启动Tomcat设置
开始-控制面板-管理工具-服务
找到apche tomcat 右键属性，把手动改为自动
如果还是不行，也可以添加任务。操作步骤
开始==》控制面板==》任务计划==》添加任务计划
下一步
浏览
找到免安装的tomcat根目录下的bin目录，选择startup.bat打开
选择计算机启动时
下一步
输入用户名和密码
完成
安装第二个Tomcat重复一次上面操作即可
这个我没有经过测试，个人认为应该可用