在rosettaCM中,一些操作所需要的linux命令

>>> ps -ef | grep filename    查看关于filename文件的所有进程状态

>>> find dirpath -name filename   在dirpath目录(绝对路径)下查找关于filename的所有文件

>>> fg %jobsnumber     将后台命令调用到前台运行

>>>  Ctrl + z 挂起当前运行任务  -jobs filename number 查找运行文件filename的PID号  bg %(jobsnumber)将挂起的文件放在后台运行

>>> Ctrl + c 结束当前运行的任务

>>> cat score.sc | sort -nk2 > score_sorted.txt   对得分文件score.sc的第二列按照数值(n)的大小进行排序,并将排序好的信息存储在score_sorted.txt文件中。

>>>  基于 rosettaCM_1_3.py脚本  同源建模

>>> 基于relax_1_1.py 脚本  模型优化

>>> 分子对接  /rosetta/main/source/bin/rosetta_scripts.liunxgccrelease @dock.options -database /rosetta/main/database -nstruct 1000   构建1000个对接模型 由total_score和亲和力选取最优的对接模型   (需要对对接小分子的.sdf .mol2或者.mol进行parms处理,并在dock.xml 文件和dock.options中设定参数)

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转载自www.cnblogs.com/wh-ff-ly520/p/9358509.html