一，概念
我们先来理解下Git工作区、版本库和暂存区概念
工作区（Working Directory）是对项目的某个版本独立提取出来的内容。这些从Git仓库的压缩数据库中提取出来的文件，放在磁盘上供你使用或修改。
版本库（Repository）目录是Git用来保存项目的元数据和对象数据库的地方。这是Git中最重要的部分，从其它计算机克隆仓库时，拷贝的就是这里的数据。
暂存区域（Staging Area）是一个文件，保存了下次将提交的文件列表信息，一般在 Git 仓库目录中。有时候也被称作“索引”，不过一般说法还是叫暂存区域。
二，存在形式
工作区：就是你在电脑里能看到的目录。
版本库：工作区有一个隐藏目录.git，这个不算工作区，而是Git的版本库。
暂存区：一般存放在 “.git目录下” 下的index文件（.git/index）中，所以我们把暂存区有时也叫作索引（index）。
三，文件在三个区域之间的转换
当对工作区修改（或新增）的文件执行 git add 命令时，暂存区的目录树被更新，同时工作区修改（或新增）的文件内容被写入到对象库中的一个新的对象中，而该对象的ID被记录在暂存区的文件索引中。
当执行提交操作git commit时，暂存区的目录树写到版本库（对象库）中，master 分支会做相应的更新。即 master 指向的目录树就是提交时暂存区的目录树。
当执行 git reset HEAD命令时，暂存区的目录树会被重写，被 master 分支指向的目录树所替换，但是工作区不受影响。
当执行 git rm --cached <file> 命令时，会直接从暂存区删除文件，工作区则不做出改变。
当执行git checkout . 或者 git checkout -- <file> 命令时，会用暂存区全部或指定的文件替换工作区的文件。这个操作很危险，会清除工作区中未添加到暂存区的改动。
当执行 git checkout HEAD ." 或者 "git checkout HEAD <file> 命令时，会用 HEAD 指向的 master 分支中的全部或者部分文件替换暂存区和以及工作区中的文件。这个命令也是极具危险性的，因为不但会清除工作区中未提交的改动，也会清除暂存区中未提交的改动。
四，Git文件的生命周期
请记住，你工作目录下的每一个文件都不外乎这两种状态：已跟踪或未跟踪。 已跟踪的文件是指那些被纳入了版本控制的文件，在上一次快照中有它们的记录，在工作一段时间后，它们的状态可能处于未修改，已修改或已放入暂存区。 工作目录中除已跟踪文件以外的所有其它文件都属于未跟踪文件，它们既不存在于上次快照的记录中，也没有放入暂存区。 初次克隆某个仓库的时候，工作目录中的所有文件都属于已跟踪文件，并处于未修改状态。
编辑过某些文件之后，由于自上次提交后你对它们做了修改，Git 将它们标记为已修改文件。 我们逐步将这些修改过的文件放入暂存区，然后提交所有暂存了的修改，如此反复。所以使用 Git 时文件的生命周期如下：
五，总结
工作区的文件有两种状态，一种为已跟踪状态，另一种为未跟踪状态。已跟踪状态的文件表示已经存入版本仓库中，未跟踪状态则还没有存入。所以一般使用Git的工作流程为：
- 在工作目录中修改文件
- 使用
git add .命令，暂存文件，将未跟踪的文件和已修改的文件的快照放入暂存区域 - 使用
git commit命令，提交更新，找到暂存区域的文件，将快照永久性存储到 Git 仓库目录
参考文档
1. 菜鸟教程
2. Pro Git book