服务器构建系统发育树

首先要用在线的MAFFT进行Alignment

MAFFT网址

1. 复制粘贴所有的fasta序列到文本框中
2. UPPERCASE / lowercase: 选择 Same as input
3. Direction of nucleotide sequences: Help 选择 Adjust direction according to the first sequence (accurate enough for most cases)
4. Output order: 选择 Same as input
5. 最后点击Submit
6. 我们将邮件中的结果复制粘贴，另存为一个.fasta的文件.

利用服务器建树

### 平台MAFFT比对

#    mafft –h
#                    High speed         mafft in > out 
#                    High accuracy    200条序列、2000个位点以内
#                    unsure                 mafft --auto in > out

#命令：mafft --auto(strategy) 输入文件名 > 输出文件名
#eg. mafft --maxiterate 1000 --globalpair ITS\ order.fas > out.tre
#sz   输出文件

mafft --maxiterate 1000 --globalpair all_compare_OTU.fa >all_compare_OTU_Aligned.fa

fasta格式转phy 参考博客文章

可在转换phylip格式时保留名称的所有字符命令：fasta2phy.pl -i 输入文件名.fasta输出文件名为: 输入文件名.phy 使用方法：

python fasta2phylip.py

建Fast树

fasttree  -nt all_compare_OTU_Aligned.fa > all_compare_OTU.nwk

建Raxml树,RAxML建树命令

上载 .phy 文件

命令行：raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -f a -s ==输入文件名== -n tre -m ==GTRGAMMA== -x 1234 -# ==1000== -T ==40==
-n 输出文件后缀名
-m 模型
-x   1234随机数
-#   bootstrap
-T   CPU使用数（最大40，一般使用20左右）    
输出文件为:  RAxML_bipartitions.tre

nohup raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -f a -s alpha_pep_align_gb.phy -n tre -m GTRGAMMA -x 1234 -# 1000 -T 28

进化模型选择命令

java -jar /lustre/project/og04/shichunwei/biosoft/jmodeltest-2.1.7/jModelTest.jar -d  jmodel.fasta -s 11 -i -g 4 -f -AIC -AICc -DT -BIC -a -tr 8 > jmodel.out

Bayes系统发育树

上载  .nex 文件（文件内需带Bayes命令行） 
mb -h  (help帮助文件)
命令： mb -i  ==文件名==       回车                 
或mpirun -n ==数字== mb -i ==文件名== （mpirun为多线程运   行，n需为nchains的倍数，最大30）
输出文件：  .tre
下载到本地
Note: ==红色字体==为自定义部分，根据自己的文件名进行修改。in red: the part named by custom, filename, number…
in blue: command

建树命令

mb -i isolated_Aligned.fasta.nex

离线跑树

nohup 命令（eg. mb -i ）文件名& 回车 less nohup.out （输出文件）查看文件进程 或者 jobs

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