软件安装，配体和受体的处理及结果分析等请参看分子对接的系列教程（点我看分子对接教程）
本文只涉及批量处理代码。相关视频已上传B站（点我看视频，最近不太顺，不要嫌弃我语气就好）
应广大同道需求，多受体对多配体的批处理教程也让我搞出来了（点我看多对多）
如小分子配体较多，可使用OpenBable进行批量转换，且支持多种格式（点我看教程)。
新建一个文件夹
把转换为pdbqt格式的所有受体和配体都放到这个文件夹内。
安装后的vina.exe、vina_split.exe和vina_license.rtf也放进同一个文件夹中。
新建第一个txt文本
将此文本命名为conf.txt，其他任何名字均可。
填入对接相关信息。主要是对接口袋的参数。笔者使用的是pymol中一个较get-box的插件得到的对接口袋参数。如下所示
receptor = 5vbl_b.pdbqt
center_x= 187.9
center_y= -10.8
center_z= 61.7
size_x = 24.4
size_y = 23.6
size_z = 37.3
num_modes = 9
新建第二个txt文本
打开他，复制以下代码
@echo
for %%f in (Conformer3D_*.pdbqt) do (
echo Processing ligand %%f
if not exist "%%~nf" mkdir "%%~nf"
vina --config conf.txt --ligand %%f --out "%%~nf"/out.pdbqt --log "%%~nf"/log.txt)
exit
其中Conformer3D_*.pdbqt是因为我的小分子文件是从PubChem上下载的。他们的开头都是Conform3D_。如配体无通用的开头，可以直接用*.pdbqt。
如第一个txt文件使用了其他的名字。本段代码中的conf.txt也要随之改变。
保存后关闭这个文件。
将此文件的后缀名由.txt改为.bat。
双击运行即可开始进行批量对接。
且会生成一个个以配体名字为名称的文件夹。里面包含了对接的两个结果log.txt和out.pdbqt。
查看结果
由于结果文件log.txt分散在各个文件夹内，一个个看比较麻烦，我们同样可以使用批处理生成一个可以查看所有结果的文件。
在同一个文件夹中新建一个txt文件，将以下代码复制进去。
echo final result > final.txt
for %%f in (Conformer3D_*.pdbqt) do (
echo -------------------------------reading ligand %%~nf-------------------------------------- >> final.txt
for /f "skip=22 delims=" %%i in (%%~nf/log.txt) do (
echo %%i >> final.txt
))
start notepad final.txt
exit
保存关闭后，同样的将该文件的后缀名由.txt改为.bat。
双击运行后即可生成一个名为final.txt的文件。并自动打开以供查看。
结果如图所示
本人非程序员出身。只是把自己一些操作经验分享给大家，希望能给大家提供一些帮助。
文章中难免存在一些纰漏，希望大家海涵，有什么问题可以一起在留言区交流。