HTML应用采用的仍然是Javascript（JS）、HTML、CSS 等Web语言，因而其代码保护就是这些Web代码的保护，而HTML应用主要功能一般采用JS实现，因此JS代码就成了保护重点。然而，似乎Web语言的设计者们根本没考虑过保护代码，或许因为他们认为互联网的核心价值不是代码，而是业务数据、是流量，这样更有利于互联网Web服务的发展。但开发者似乎不这么认为。我和开发者交流BAE/Widget/HTML5等话题时，必不可少的问题就是如何保护代码。代码保护是许多Web开发者的一块心病。Web语言是解析执行，即代码需要明文下载到客户端（如浏览器），同时可以很容易的进行调试，因而代码保护比较困难。 当然，也有一些解决方案是将Web代码编译成二进制文件（如下图），但由于这方面没有业界规范，因而需要客户端支持该文件的解析，其通用性成问题。
当然，最流行、折中的HTML5代码保护办法仍代码混淆，而由于应用的主要功能一般通过JS实现，因而这里主要介绍JS代码的混淆。代码混淆简单地说是对代码进行重新组织和处理，使得处理后的代码与处理前代码完成相同的功能，但难以阅读。一般代码混淆器会将代码中的所有变量、函数、类的名称变为简短的英文字母代号，删去代码注释。JS代码混淆器主要是主要分在线和离线两大类。一般开发者比较倾向离线代码混淆器（因为使用在线混淆器需要将代码提交到网站上），这里介绍几个比较不错的，供参考：
1.Jasob
网址：http://www.jasob.com/
功能强，能对Javascript、HTML、CSS文件进行混淆，可以选择变量的混淆程度等各种功能。当然也具有非常强的代码压缩能力。是收费的共享软件。
2.Javascript Obfuscator
网址：http://www.javascript-source.com/javascript-obfuscator.html
支持JS混淆和代码压缩，简单好用。各种编码字符替换，混淆的代码更加晦涩。
但是也是收费的共享软件，而且不支持中文字符集，不知是否因为是试用版本。
。。。。。
还有很多，，但人个建议是推荐Jasob，强大。
只针对JS代码混淆的有个在线工具：http://tool.chinaz.com/js.aspx
