协惯量分析（CoIA）
协惯量分析（co-intertia anaysis ，CoIA）是一种多元统计方法和排序方法，它计算两个数据集内变量交叉的协方差矩阵，找出两种数据集空间中存在的协同结构，并将这两种数据集的变量投影到同一空间（也叫协惯量平面，Co-incritia plane）。CoIA用于衡量两组数据集之间的一致性，它所分析的两数据集之间无解释变量与响应变量之分，二者无解释与被解释关系。CoIA分析与偏最小二乘回归相关联，是经典回归的可靠替代方法，对于物种-环境关系的确立，CoIA无需考虑对环境变量数量的限制。CoIA分析在生物学领域的多组学研究中应用广泛，如物种-环境的交互（微生物群落）、确定两组环境变量的相关性或者物种间的共变（微生物群落）、物种组成与功能的关系以及群落功能的一致性等。
应用举例
Fig. 2 Co-inertia analysis of candidate and non-candidate climate-selected loci of Carex gayana considering the entire study area and each river basin separately. Each arrow of the CoIA plots corresponds to a single individual, denoting the position of its genetic data for non-candidate (origins of the arrows) and candidate climate-selected (arrowheads) loci.(Genome-wide genetic diversity yields insights into genomic responses of candidate climate-selected loci in an Andean wetland plant)
Figure 4. Co-inertia analysis (COIA) of the MHC genetic variation (MHC alleles data) and metazoan parasite species of common bream, roach and hybrids. Color labelling of DAB alleles and parasites corresponds to their presence in diferent fsh groups or shared groups.(Diversity of MHC IIB genes and parasitism in hybrids of evolutionarily divergent cyprinoid species indicate heterosis advantage)
当执行包括 MHC 等位基因和所有鱼类组（鲷鱼、蟑螂和杂交种）的 COIA 时，DAB等位基因和后生动物寄生虫物种在 COIA 模型中表现出显着的协方差（RV = 0.16，p < 0.003）。COIA 的两个第一轴（F1 和 F2）占两个矩阵（F1 65.99% 和 F2 9.06%）之间共享的总方差的 75.05%。COIA 因子图上的寄生虫学和遗传变量分布之间的比较揭示了物种特异性关联（图 4）。
TUTU云工具使用
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（www.cloudtutu.com，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，不必注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到CIA协惯量分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。
上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备两个数据矩阵(形式参照示例数据)；
b)表格需带表头，每一列为样本名，每一行为某指标具体数值，例如OTU、ASV、基因ID等等；
c)重要：请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中， 将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
参数设置
2.1 是否对数据进行分组：按需自行设置
若选择“是”，在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)
若选择“否”，则无需设置分组名
2.2 自定义命名1/2：对图例进行自定义命名
2.3 线的颜色选择、坐标字体大小、图形大小、文本字体大小、图例大小、线的粗细等可按需自行设置
2.4 颜色选择：此处为分组颜色选择，最多提供五种颜色（即五个分组自定义颜色，在页面右下方调整分组个数即可出现对应个数的颜色选择），超过五个颜色
下载文件
点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图和表格文件。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。
作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。
写作建议
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