BiocManager::install(c('scRNAseq'),ask = F,update = F)
使用如上代码,尝试安装R包“scRNAseq”。在安装的过程中出现如下错误,且无法加载R包。
Error: package or namespace load failed for 'S4Vectors':
在从名字空间'S4Vectors'中出口方法时发现了不是S4通用的函数'%in%' 错误: 无法载入程辑包'S4Vectors' 此外: Warning messages: 1: 程辑包'SingleCellExperiment'是用R版本3.6.1 来建造的 2: 程辑包'S4Vectors'是用R版本3.6.3 来建造的 停止执行 ERROR: lazy loading failed for package 'scRNAseq' * removing 'C:/Program Files/R/R-3.6.0/library/scRNAseq' The downloaded source packages are in ‘C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpiUxCdE\downloaded_packages’ Warning message: In install.packages(...) : installation of package ‘scRNAseq’ had non-zero exit status
推断是由于待安装的R包的版本与电脑平台上的R程序不匹配。
使用version指令查看R版本。
version
platform x86_64-w64-mingw32
arch x86_64
os mingw32
system x86_64, mingw32
status
major 3
minor 6.0
year 2019
month 04
day 26
svn rev 76424
language R
version.string R version 3.6.0 (2019-04-26)
nickname Planting of a Tree
我的R版本是3.6.0,而待安装的R包的版本是3.6.1及以上。于是尝试着更新R后,再安装相应的R包。
打开Rgui,输入以下代码,更新R版本。
library(installr)
updateR()
更新至4.0.4版本。
1 hours later……(因为更新了R,就出现了配套的一系列问题,比如更新biomanager)
https://blog.csdn.net/u014801157/article/details/62884401
当把所有的R包更新到匹配的版本之后。
重新下载安装R包“scRNAseq”。
问题解决。加载scRNAseq中的数据集fluidigm。
https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4529125
library(scRNAseq)
fluidigm <- ReprocessedFluidigmData()
head(fluidigm)
data<-floor(assays(fluidigm)$rsem_counts)
head(data)