整理了几种解决方法，仅供参考。
1.在数据库链接字符串中添加参数：
(省略前面的)&autoReconnect=true
注：mysql 5 之前的有效。
2.通过sql语句修改'wait_timeout'的值(需要重启mysql服务器)：
use mysql; -- 在mysql库下。
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'wait_timeout'; -- 查看当前值。
SET GLOBAL wait_timeout = 1814400; -- 修改(这里为21天单位秒)。
注：也可以通过修改mysql配置文件进行修改（windows-my.ini;linux-my.cnf）
3.用定时任务定时查询数据库：
（1）如项目用的是spring，可以用spring之quartz定时任务。
（2）如果项目中用的hibernate，注意清理缓存问题。
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4.通过修改相应连接池配置来解决：
（1）如使用c3p0连接池等。