祁连山国家公园位于甘肃和青海两省交界，地处青藏、蒙新、黄土三大高原交汇地带的祁连山北麓，总面积达到5.02万平方公里。其中，甘肃片区总面积3.44万平方公里，占国家公园总面积的68.5%；青海片区总面积1.58万平方公里，占国家公园总面积的31.5%。
祁连山国家公园建立目标，使祁连山典型的寒温带山地针叶林、温带荒漠草原、高寒草甸复合生态系统得到完整保护，水源涵养和生物多样性保护等生态功能明显提升，自然资源资产实现全民共享、世代传承，创新生态保护与区域协调发展新模式，构建国家西部重要生态安全屏障，实现人与自然和谐共生。
祁连山国家公园分区数据包含核心保护区和一般控制区的空间范围，其中核心保护区2.75 万平方公里（甘肃省片区1.81 万平方公里，青海省片区0.94 万平方公里），占国家公园总面积的55%；一般控制区2.27 万平方公里（甘肃省片区1.63 万平方公里，青海省片区0.64 万平方公里），占国家公园总面积的45%。
