先说PAML中文文档，PAML是杨子恒院士写的软件，这个中文文档是bbsunchen根据网络资源整理的详细文档。有PAML使用的详细步骤。
再说说计算分子进化，杨子恒大大N年磨一剑的书，计算的算法、理论的意义、生物的背景都叙述得非常好。
先上本书英文版下载地址：http://bbs.bbioo.com/thread-57288-1-1.html
本书中文版由复旦大学翻译，可以买，据说翻译有点水，不过你要是没牛到看英文很顺畅，何必说人家水...
包含核苷酸置换和氨基酸置换模型、系统发育重建的常规方法及最大似然法与贝斯推断法、分子钟检验与物种分歧时间估计、适应性进化检测以及分子进化模拟技术等章节，分子进化生物学是一门利用分子数据重建物种或基因间的进化关系并了解其进化过程与机制的学科，统计模型及算法则是分子进化研究中的主要方法论工具。
杨子恒的介绍：
杨子恒，1964年生于甘肃通渭，1984年毕业于甘肃农业大学，1992年获北京农业大学博士学位。曾在甘肃农业大学和北京农业大学畜牧系工作以及英美等国从事博士后研究。1997年起在伦敦大学学院(University College London)生物系任教(1997-2000年任讲师，2000-72001年任副教授，2001年后任教授)，2006年当选为英国皇家学会院士(Fellow of the Royal Society)。
作为国际知名的统计进化生物学家，杨子恒博士一直致力于发展新的最大似然模型及计算机程序(PAML)，1993年起在国际学术刊物发表论文100余篇；学术兼职包括Genetics、MoIecular Biology and Evolution、Journal of Molecular Evolution和Systematic Biology等刊物副主编。
在生物信息学这个领域，顶级的工作要么是数据库，要么是软件，我指的顶级，不是说杂志影响因子的高低，而是指引用。比如，可以粗略划分，>1万次的算是顶级软件，>1千次的算是一流软件，>100次的是二流软件，>10次的算是三流软件，再少了就不入流了。要是几年都没有人引用，这个这个，只能说是纯粹灌水了。
顶级软件不多，比如BLAST, CLUSTALW这种软件，赚个几万次的引用那真是太小意思了，并且，由于这类软件一般实在是太有名，n年前就被写教科书里了，所以很多人其实是不引的。一流软件也不算多，比如MEGA, Weblogo等等。这些软件一般是细一点儿领域里的主流工具，比如weblogo一般是用于序列分析这个小领域的，其他领域用的就不算那么多。