LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。

一、环境介绍：

系统：Centos7.6
所需软件包：lammps.tar.gz，parallel_studio_xe_2017_update5.tgz

二、上传、解压、软件包：

1.为了方便管理，新建一个目录，把intel和lammps软件包拷贝或直接上传到新建目录中。

[zh@zh ~]$ mkdir soft  #新建目录
[zh@zh ~]# cd /soft/  #进入刚刚新建的目录中
[zh@zh soft]$ ls  #查看目录中的文件
lammps.tar.gz 
[zh@zh ~]$ tar xf lammps.tar.gz  #解压lammps

三、编译lammps：

ps:由于我上次安装vasp时已经安装过intel2017u5，所以这次不再重新安装，如有需要intel安装教程的请转到【第一性原理】Centos7下安装vasp5.4.4

如果有特殊需求，那么在安装lammps可执行文件之前要先安装一些额外的包，如在正式编译之前输入这样的命令make yes-class2 yes-rigid yes-shock，即首先要安装class2、rigid、shock包。这些包的安装比较简单，但还有一些包的安装需要额外的库，如果在实际科研中用到，参考Manual安装即可。

1.加载MANYBODY模块


[zh@zh soft]$ cd lammps-7Aug19/src/  #进入src目录
[zh@zh src]$ make yes-MANYBODY  #加载模块（根据自己需求来）
[zh@zh src]$ make mpi  #开始编译
*************************************
*************************************
ump_image.o npair_half_respa_bin_newton.o compute_temp_ramp.o compute_pair.o ntopo_dihedral_template.o pair_coul_dsf.o compute_temp.o compute_pressure.o compute_cluster_atom.o nbin_standard.o npair_half_multi_newtoff.o npair_half_nsq_newtoff.o delete_atoms.o pair_sw.o compute_dihedral.o pair_vashishta.o       -o ../lmp_mpi
size ../lmp_mpi
   text	   data	    bss	    dec	    hex	filename
4592657	   8184	    928	4601769	 4637a9	../lmp_mpi
make[1]: Leaving directory `/home/zh/soft/lammps-7Aug19/src/Obj_mpi'
出现如上字样说明编译成功，并生成了lmp_mpi

2.测试

[zh@zh ~]$ mpirun -np 6 ~/soft/lammps-7Aug19/src/lmp_mpi  < pisrelax.in #lammps运行命令，出现如下字样说明lammps编译成功，测试作业已经开始计算。
LAMMPS (7 Aug 2019)
Reading restart file ...
  restart file = 7 Aug 2019, LAMMPS = 7 Aug 2019
WARNING: Restart file used different # of processors (../read_restart.cpp:738)
  restoring atom style atomic from restart
  orthogonal box = (-163.77 -163.77 -36.3398) to (163.77 163.77 618.74)
  1 by 2 by 3 MPI processor grid
  pair style eam/fs stores no restart info
  4096000 atoms
  read_restart CPU = 0.691318 secs
WARNING: Shell command 'mkdir' failed with error 'File exists' (../input.cpp:1292)
Neighbor list info ...
  update every 1 steps, delay 0 steps, check yes
  max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
  master list distance cutoff = 9.6
  ghost atom cutoff = 9.6
  binsize = 4.8, bins = 69 69 137
  1 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0
  (1) pair eam/fs, perpetual
      attributes: half, newton on
      pair build: half/bin/atomonly/newton
      stencil: half/bin/3d/newton
      bin: standard
Setting up Verlet run ...
  Unit style    : metal
  Current step  : 0
  Time step     : 0.001
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 523.4 | 552.3 | 578.3 Mbytes
Step Pxx Pyy Pzz Lx Ly Lz Temp TotEng Volume Press PotEng Enthalpy E_pair Density Atoms 
       0    16.668893    69.506217   -20.755848    327.53975    327.53975     655.0795    300.02891    -19204430     70278428    21.806421    -19363280    -19203474    -19363280    7.3219257  4096000

【第一性原理】Centos7下编译并行lammps-7Aug19