两步走
1、Tomcat启动时以jpda方式启动
linux下启动：
设置监听端口号，如不设置默认是8000
export JPDA_ADDRESS=9999
通过这条命令启动tomcat,会监听JPDA_ADDRESS设置的端口，等待调试器连接。
./catalina.sh jpda start
windows下启动：
set JPDA_ADDRESS=9999
catalina.bat jpda start
jpda方式启动后，在tomcat控制台的输出中，可以看到启动的调试监听端口信息。
2、本地eclipse配置
2.1、远程调试配置
打开调试配置对话框
点击“debug”，eclipse调试工具便会尝试与设置的ip、port进行连接，连接成功后，在本地eclipse程序中打断点，执行远程的java程序时，走到该断点处便会停止，与调试本地程序基本一样。
2.2、切换到debug视图
点击右上角圈定的图标，可断开与远程的调试连接，断开连接后的界面如下：
点击右键菜单中的“Relaunch”可重新建立与远程的连接
注意：
先以jpda模式启动Tomcat后，然后再启动Eclipse远程调试
jpda调试总体思想：
1、程序是在java虚拟机中运行的。
2、java虚拟机提供了一套接口，外部程序可以通过这些接口获取当前java虚拟机的运行状态和控制java虚拟机的运行。
3、eclipse的调试工具就是基于这套接口开发的。
4、如果你愿意，你也可以开发自己的调试工具。
更多内容请参考
http://www.ibm.com/developerworks/cn/views/java/libraryview.jsp?search_by=深入+Java+调试体系
http://www.ibm.com/developerworks/cn/opensource/os-eclipse-javadebug/