Fabric CA在整个证书管理环节中处于十分核心的位置。在生产环境中部署时，必须从多个方面进行考虑，以充分确保安全性、可靠性、规范性等指标。
1. 根证书的生成
根证书目前可以通过从权威机构（包括GolbalSign、VeriSign）申请，或采用自行签名的方式生成。技术上来讲，两者都可以完成部署过程，并且都能保证同样的安全。但不同场景下两者各有利弊，总结如下表所示
权威机构颁发与自行签名比较
因此，如果应用场景不仅包括私有网络，而且需要可靠的证书机制，推荐采用权威机构颁发的根证书；如果仅面向私有网络场景，并且技术团队有较丰富的证书管理经验，则可以采用自行签名的方法进行部署。
2. 分层部署结构
在实际部署中，PKI推荐采用分层的结构，即不由根CA来直接签发证书，而是通过由根CA签发的中间CA甚至更下层CA（统称为intermediate CA），来实现对服务器实体和用户证书的管理，Fabric CA很好地支持了该功能。分层CA如图所示
之所以采用分层结构，是因为CA颁发证书的过程都需要CA的私钥进行签名，而一旦CA私钥发生泄露或所颁发证书被破坏，则该CA的信任性就遭到了破坏，需要对该CA以及依赖它的所有安全机制进行重建（可以想象，更换一个根CA（Root CA）将带来大量变更和挑战）。
因此，通过分层结构，可以隔离破坏的风险，即便发生私钥泄露，也只是影响到某个中间CA。并且，该CA一旦出现问题，其自身的证书很容易被上层CA撤销。同时，采用分层结构的情况下，根证书私钥可以处于离线状态，进行最强等级的保护（如采用基于硬件的机制），以保障安全。
3. TLS机制
Fabric CA采用了证书来识别网络中的身份，并进一步进行权限管控。TLS证书则从另一个维度来保护网络中的通信。
TLS证书在通信双方建立安全连接时，同样采用了证书机制来进行身份识别。最常见的情况是服务端启用TLS机制。这种情况下客户端会事先获取服务端的证书，并请求服务端发送带有签名的消息，用可信的服务端证书进行认证。反过来，也可以对客户端进行TLS认证，这样就确保连接到服务端的用户都是预先许可的用户。
需要注意的是，Fabric中的证书和TLS证书是两个层面：前者进行网络中的身份管理；后者确保安全连接。为了达到更安全的级别，建议同时启用这两种机制。