格式转换
- 给文件可操作权限
sudo chmod o+r /home/gwm/Fusion/ldsc/IPF_GWAS.txt
- 执行文件格式转换
./munge_sumstats.py --sumstats IPF_GWAS.txt --N 11259 --N-cas 2668 --N-con 8591 --out IPF --ignore beta
关联分析
- 执行脚本
for chr in {1..22}
do
Rscript FUSION.assoc_test.R \
--sumstats IPF_GWAS_DATA/IPF_GWAS_02.sumstats \
--weights ./WEIGHTS/GTEx.Whole_Blood.pos \
--weights_dir ./WEIGHTS/ \
--ref_ld_chr ./LDREF/1000G.EUR. \
--chr $chr \
--out ./y/IPF.$chr.dat
done
- 筛选基因
for chr in {1..4}
do
cat IPF.$chr.dat | awk 'NR == 1 || $NF < 0.05/2058'
done