由于课本上对HDB3码的编码方式讲解的不够详尽，在通过查阅多本参考书后，特对HDB3码的编码方式总结如下：
步骤：（以下步骤针对存在四连零0000的原码，没有四连零的原码编为AMI码即为HDB3码。）
①标记原码的第一个“1”码为+1（注：不再像大多数书上说的先写AMI码），如001000011写为00+1000011。
②检查四连零的情况，取代变换节，将四连零编为一组，用V替代0000的最后一个0，记为000V。
③检查相邻V中间非零码的个数，如果两个相邻V之间有奇数个非零码，则记为000V，若有偶数个非零码，则记为B00V。
④对“1”“B”加符号，首先将“1”和“B”看做整体，保证这个整体按正负交替规律变化。
⑤对“V”加符号，保证V与它的前一个非零码的符号相同（这也是最后B00V码段中B与V符号总是相同的原因）。
⑥整理，如有需要将B和V用1替换。写出HDB3码。
原理：
“V”码称为破坏码（Violate），它的加入破坏了原先正负交替的规律。“B”码称为平衡码（Balance），引入B是因为当相邻两V之间有偶数个非零码是“V”不满足正负极性交替的规律，加入B来平衡它。
举例：
原码：1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0
①： +1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0
②： +1 0 0 0 V 0 1 1 0 0 0 V 0 0 0 V 1 0 0 0 V 1 0 0（注：八连零情况中两V之间没有非零码，当偶数个处理。）
③： +1 0 0 0 V 0 1 1 B 0 0 V B 0 0 V 1 0 0 0 V 1 0 0
④： +1 0 0 0 V 0 -1 +1 -B 0 0 V +B 0 0 V -1 0 0 0 V +1 0 0
⑤： +1 0 0 0 +V 0 -1 +1 -B 0 0 -V +B 0 0 +V -1 0 0 0 -V +1 0 0
⑥：如有需要，将B和V用1替换，B和V只是为了表明该非零码是由原码中的0变换来的。
