Umgebung Ubuntu22/20, R4.1. Wissenschaftlicher Internetzugang wurde aktiviert .
Der erste Schritt besteht darin, die Serverumgebung zu aktualisieren, das Terminal aufzurufen und den folgenden Befehl einzugeben:
apt-get update
apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libcairo2-dev libgtk-3-dev libhdf5-dev libmagick9-dev libcairo2-dev libxt-dev libgsl-dev libgdal-dev
# linux repo :: R repo
# ==============================
# libcairo2-dev :: systemfonts
# libgtk :: textshaping
# libhdf5-dev :: hdf5r
# libmagick9-dev:: magick
# libcairo2-dev libxt-dev :: Cairo
# libgsl-dev :: RcppGSL
# libgdal-dev :: gdal; terra
# below all for complete R repo :: magick
apt install libmagick++-dev librsvg2-dev libwebp-dev libpoppler-cpp-dev libtesseract-dev libleptonica-dev tesseract-ocr-eng libfftw3-dev cargo # r-cran-rgdal
# below all for complete R repo :: car; FactoMineR
apt install liblapack-dev liblapack3 libopenblas-base libopenblas-dev libnlopt-dev
Der zweite Schritt besteht darin, das Paket auf CRAN zu installieren. Rufen Sie die interaktive Umgebung der R-Sprache auf und geben Sie den folgenden Befehl ein:
# Bayes
install.packages("scales")
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggbeeswarm")
install.packages("viridis")
install.packages("pheatmap")
install.packages("Cairo")
install.packages("ggrepel")
install.packages("systemfonts")
install.packages("textshaping")
install.packages("ragg")
install.packages("ggrastr")
install.packages("systemfonts")
# Giotto
install.packages("gmp")
install.packages("ClusterR")
install.packages('devtools')
install.packages('remotes')
install.packages("magick")
install.packages("RcppGSL")
install.packages("FactoMineR")
Der dritte Schritt besteht darin, das Paket auf BiocManager zu installieren. Rufen Sie die interaktive Umgebung der R-Sprache auf und geben Sie den folgenden Befehl ein:
# Bayes
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rhdf5lib") # need apt install libhdf5-dev
BiocManager::install("rhdf5filters")
BiocManager::install("GenomeInfoDbData") # maybe need a VPN since it is big, about 10mB. Less than 5mB can be download without VPN.
BiocManager::install("BayesSpace")
# Giotto
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
Rfast
RcppGSL
RcppZiggurat
Der vierte Schritt besteht darin, das Paket auf Github zu installieren. Rufen Sie die interaktive Umgebung der R-Sprache auf und geben Sie den folgenden Befehl ein, um Giotto zu installieren (empfohlen).
library(remotes)
remotes::install_github("RubD/Giotto")
Oder installieren Sie Giotto ohne C-Compiler (optional)
# compilation problems (gfortran)?
# this version does not require C compilation
remotes::install_github("RubD/Giotto@cless")
prüfen,
library(Giotto)
