前に書いた
従来の火山図では2組の差分しか表示できませんでしたが、マンハッタン地図の考え方を火山図に取り入れると、1つの火山図で複数組の差分を表示できます。アイデアはセルの記事から来ています。
従来のヒートマップ:
今回は、2 種類の火山マップが更新されました。
クラスター化された火山マップ:
2 つのグループの違いのみが作成されますが、同様の傾向を持つ OTU がクラスター化され、異なるクラスター化モジュールの違いがカテゴリ別に表示されます。その後の分析のために、同様の違いを持つモジュールの大規模なクラスを見つけることは便利です。
火山マップの複数のグループ:
従来の火山マップは 2 つのグループ間の差異を示しているため、異なるグループ間の差異をよりよく観察できるように、複数のグループのペアワイズ差異分析の結果を 1 つの画像に調整して表示します。
実際の戦闘 - マルチクラスタリング火山マップ
library(ggClusterNet)
library(tidyverse)
library(phyloseq)
data(ps)
# 准备脚本-函数来自三人成师第一版，目前更新到第五版本
source("./EdgerSuper.R")
source("./EdgerSuper2.R")
source("./Mui.cluster-group.volcano.R")
# source("./Plot.CompareWithCK.R",encoding = "utf-8")
group1 = c("OE","WT")
b= data.frame(group1)
diffpath.1 = "./"
res = EdgerSuper(ps = ps,group = "Group",artGroup =b,
j = "OTU",
path = diffpath.1
)
head(res)
result = Mui.cluster.volcano(res = res)
p = result[[1]]
pp = result[[2]]
p
ggsave("cs.pdf",p,width = 8,height = 6)実際の戦闘 - 複数の火山マップ
#----多组火山图#------
diffpath.1 = "./result_cs"
dir.create(diffpath.1)
# 本-函数来自三人成师第一版，目前更新到第五版本
res = EdgerSuper2 (ps = ps,group = "Group",artGroup =NULL,
j = "OTU",
path = diffpath.1
)
head(res)
result = Mui.Group.volcano (res = res)
p = result[[2]]pggsave("cs4.pdf",p5,width = 12,height = 6,limitsize = FALSE)猜你喜欢iMeta简介 高引文章 高颜值绘图imageGP 网络分析iNAP
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写在后面为鼓励读者交流快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”讨论群，己有国内外6000+ 科研人员加入。请添加主编微信meta-genomics带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。高级职称请注明身份，另有海内外微生物PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
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