ログインする前にMacコンピュータを設定する必要があります
以下のためのMac Pro、状況がしばしばあります：ログインは問題ありませんが、あなたがた場合に問題があるでしょうのために動作しない以上5分、あなたが入力できない、とあなたが再起動する必要があります终端。解決策は次のとおりです。
[1] Macの場合、ターミナルを開き、サーバーにログインしないでください
[2]次に、次のコマンドをローカルで実行します
cat >~/.ssh/config
Host *
ServerAliveInterval 120
TCPKeepAlive no
^C
ログインサーバー
メールボックスを開き、Zeng氏から全員に送信された、ユーザー名、パスワード、IPアドレスを含む電子メールを見つけます。ログイン方法はssh 用户名@ip地址次のとおりです。
ssh [email protected]入力してからパスワードを入力してください
コマンドラインのカラーマッチングを変更する
次の2行のコードをコピーして貼り付けます。
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrcヘルプドキュメントを表示する
manコマンド、helpコマンド、またはコマンドの--helpパラメーター
man ls ## 用 man 命令查看 ls 命令的帮助文档
help ls ## 用 help 命令查看 ls 命令的帮助文档
ls --help ## 用 --help 参数查看 ls 命令的帮助文档pwdコマンド
lsコマンド
ディレクトリファイルを一覧表示します。
ls ## 列出当前目录的文件
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll ## ls -la 的简写
ls -lh ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息cdコマンド
作業ディレクトリを切り替える
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd - ## 返回上一次的工作目录
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录mkdir
# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p test{1..3}/test{1..3}
tree
mkdirコマンド
mkdirコマンドの概要
mkdirコマンドは、指定された名前でディレクトリを作成するために使用されます。作成するユーザーは、現在のディレクトリでのアクセス許可を持っている必要があり、指定されたディレクトリ名を現在のディレクトリの既存のディレクトリにすることはできません。
コマンドフォーマット
mkdir [オプション] [ディレクトリ]
コマンドパラメータ
-m --mode = mode、ディレクトリを作成するときに、同時にディレクトリのアクセス許可を設定します。
-p--parents作成した上位レベルのディレクトリがまだ作成されていない場合は、上位レベルも作成します。 directory;
-v--verboseすべてのディレクトリに情報が表示されるたびに新しいディレクトリを作成します
-h--help help information
一般的に使用されるコマンドの例
空のディレクトリtest1を作成します
mkdir test1
複数のディレクトリを再帰的に作成する
mkdir -p / test2 / test22
777のアクセス許可を持つディレクトリを作成します
mkdir -m 777 test3
750の権限で現在のディレクトリに/ text5 / text6を作成します
mkdir -pm 750 text5 / text6
接する
ls
touch file.txt new.txt
ls
touch file{1..5}
ls
rm
rm -i file.txt
ls file*
rm file*
rm -r test1
コマンド-rm
完全な命令の標準形式：
Linux共通フォーマット-＃コマンド本体（スペース）[オプション] （スペース）[操作オブジェクト]
命令には複数のオプションを含めることができ、操作オブジェクトも複数にすることができます。
コマンド：rm（削除、削除、削除）
役割：ドキュメントの削除/削除
構文：#rm [オプション]削除するドキュメントのパス[パス2パス3…]
オプション：
-f：強制、強制削除、削除するかどうかのプロンプトを表示しない
-r：再帰。これは再帰を意味します[操作オブジェクトがディレクトリの場合、-rは必須です]
コマンドを直接削除することが確実な場合は、一般的に使用されています：#rm -rf filepath。
mv
mv file1 Data/file2cp
cp readme.txt Data/
mkdir dir0
cp -r dir0 Data/ln
ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./タール
## 解压
tar -zxvf Data.tar.gz
## 压缩
tar -zcvf Data.tar.gz Data ...ネコ
cat readme.txt
cat -n readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C ## 这里是按Crtl C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !頭、尾
head -n 20 Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail ~/.bashrc
## 查看第20行
head -n 20 Data/example.fq | tail -1もっと少なく
qを押して終了します
less Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gzトイレ
cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc
wc -l readme.txt
切る
less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1
ソート
less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S
uniq
less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c
ペースト
less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2
tr
cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e'
grep
grep Biotrainee -r ./
less -S Data/example.fq | grep 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -w 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene'
正規表現
cat readme.txt | grep '^T'
cat readme.txt | grep ')$'
cat readme.txt | grep 'f.ee'
cat readme.txt | grep 'f\?ee'
cat readme.txt | grep 're\+'
cat readme.txt | grep [bB]
そして
cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee()
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g'
cat readme.txt | sed '/^$/d'
cat readme.txt | sed 'y/abc/ABC/'
awk
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S