菜鸡论文模仿02(压力加载):Identifying the Mechanisms of Polymer Friction through Molecular Dynamics Simulation

声明

上次论文模仿所列出的参考文献并非是那篇论文的参考文献,是我建模型学习所查阅的相关文献,虽然我是搞聚合物的,但是发现聚合物和金属很多模型都很类似,有共同之处,例如金属模型中的newtonian layer & thermostatic layers 是否可以对应到聚合物模型也就是本篇论文的free atoms & thermal quench layer, 压头是否可以理解为一个刚性聚合物块?等等类推。。。所以鼓励大家多看相关论文,欢迎金属方向看聚合物相关,也欢迎聚合物方向看看金属的论文~

对于这篇论文的模仿我是分为三个步骤:

  • 结构优化(已完成)
  • 压力加载(今天主题)
  • 滑动摩擦(目前我还有点问题,后续会把自己出现的问题发出来,大家可以一起讨论,自己也会努力解决,做出完美的结果)
    在这里插入图片描述

初始文件读取

  • 此次in.load的书写第一个用到的命令就是read_restart命令,需要配合上一个in文件的write_restart配合使用,个人推荐(个人推荐不同的步骤不同的文件夹,运行时只需要将需要的data或者restart文件进行转移),命令的解释可参考Lammps基础命令blog解释,不定期更新ing,可能一开始的内容会比较少。。。但会根据问题慢慢加。。。也欢迎大家给我安利各种命令,私信,qq,邮箱都可以

具体步骤

注意:你现在读取的是restart文件,此时ABCD在上一个in文件已经弛豫完成了,温度应该在300K左右了!!!!

  1. 固定A
  2. B恒温300K,不需要unfix
  3. CD nve自由层,不需要控温,不需要unfix
  4. 此步我额外加的,我是不想EF接触CD前,下方的密度有变化
  5. EFnve
  6. F层进行控温,你也可以尝试不控温,最后加载的时候看EF温度变化
  7. 注意你的边界条件
  8. 对nve系综内的EF施加外部力,注意单位换算以及将force平均至单个原子可看我的命令blog
  9. run足够长的时间,100ps?我步长0.2,跑了140000步,28ps效果不是完美,见图,步数更长的话,两条曲线会更趋近于平衡值
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    平衡后的结果可以和原文进行对比,我的模拟数据是大致374-395K之间,和原文虽然也有出入,但是考虑到与原文模型不同(原文有三种模型),结果大致还是可以等同的,这也说明从之前的结构优化到这次的压力加载都是没有问题的,可以进行下一步摩擦处理!

the instantaneous temperature of the surface atoms at the onset of slip was determined to have reached the regime ofmelting (417-425 K), an observation in congruence with the Debye-Waller factor analysis from Robinson’s model.

在这里插入图片描述

后续进行摩擦。。。我要献丑了。。。。

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