记一次Spark作业在linux standalone集群模式下的问题解决 Win7 下使用spark 对文件进行处理 Linux系统中SSH安装及配置免密码登录

在前一篇文章《Win7 下使用spark 对文件进行处理》中,我们搭建了一个win7的开发测试环境,生成了一个jar执行包,并能够成功的在本机以多线程方式调试及运行,但将这个包分发到linux spark集群上,以standalone方式运行时,却报如下异常:

18/05/22 17:13:22 ERROR Executor: Exception in task 0.0 in stage 0.0 (TID 0)
java.lang.ClassCastException: cannot assign instance of scala.collection.immutable.List$SerializationProxy to field org.apache.spark.rdd.RDD.org$apache$spark$rdd$RDD$$dependencies_ of type scala.collection.Seq in instance of org.apache.spark.rdd.MapPartitionsRDD
at java.io.ObjectStreamClass$FieldReflector.setObjFieldValues(ObjectStreamClass.java:2233)
at java.io.ObjectStreamClass.setObjFieldValues(ObjectStreamClass.java:1405)
at java.io.ObjectInputStream.defaultReadFields(ObjectInputStream.java:2288)
at java.io.ObjectInputStream.readSerialData(ObjectInputStream.java:2206)
at java.io.ObjectInputStream.readOrdinaryObject(ObjectInputStream.java:2064)
at java.io.ObjectInputStream.readObject0(ObjectInputStream.java:1568)
at java.io.ObjectInputStream.defaultReadFields(ObjectInputStream.java:2282)
at java.io.ObjectInputStream.readSerialData(ObjectInputStream.java:2206)
at java.io.ObjectInputStream.readOrdinaryObject(ObjectInputStream.java:2064)
at java.io.ObjectInputStream.readObject0(ObjectInputStream.java:1568)
at java.io.ObjectInputStream.readObject(ObjectInputStream.java:428)
at scala.collection.immutable.List$SerializationProxy.readObject(List.scala:479)

以下记录解决此问题的思路与过程。

部署环境及变量设置:

3台ubuntu虚拟机,已经配置好ssh免密登录《Linux系统中SSH安装及配置免密码登录

master: 192.168.2.1
slave1: 192.168.2.2
slave2: 192.168.2.3

使用的是spark 2.2.1版本,spark在ubuntu上的standalone部署将另写文章记录

/home/mytestzk/spark-2.2.1-bin-hadoop2.7

因为程序使用了redis作为存储,故安装了redis 最新的版本4.0.9

/home/mytestzk/redis-4.0.9

添加环境变量到/etc/profile

export SPARK_HOME=/home/mytestzk/spark-2.2.1-bin-hadoop2.7
export PATH=$PATH:$SPARK_HOME/bin

因spark可以不依赖hdfs,故虽然也安装了hadoop,但此处可以先忽略,所以不需要启动hdfs,如果文件是保存在hdfs中,则需要先启动hdfs

修改redis的配置文件redis.conf如下参数:

bind 192.168.2.1
protected-mode no

修改spark的配置文件以使spark运行在standalone集群模式:

  • spark-defaults.conf
spark.master  spark://192.168.2.1:7077
  • spark-env.sh
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_151
export SPARK_MASTER_HOST=master
export SPARK_MASTER_PORT=7077
export SPARK_WORKER_MEMORY=2g
  • slaves
slave1
slave2

Spark 以standalone集群方式运行及问题产生

首先启动redis

src/redis-server --protected-mode no

启动spark,执行spark-2.2.1-bin-hadoop2.7目录下命令,启动spark集群

src/start-all.sh

提交作业,将已经打好的jar包及测试文件上传到相应的目录后,然后提交spark程序如下,因为是一个完整的sprint boot包,在pom文件中已经指定了启动类,所以在运行spark-submit时不需要给出class参数

spark-submit --master spark://master:7077 --executor-memory 2g --total-executor-cores 2 /home/mytestzk/projects/myproject-1.0-SNAPSHOT.jar /mnt/WindowShare/holdings1.txt

运行异常如下所示:

问题解决:

经过上网搜索,有很多类似问题,有的意见是将spark-core_2.11的scope修改为provided,但验证后不起作用,后来发现在SPARK有一个类似jira: https://issues.apache.org/jira/browse/SPARK-19938,其中有一段comment:

 

因为程序在standalone集群下以交互模式是可以运行成功的,

注:
以交互方式在standalonoe集群上测试,首先是启动spark集群及redis server,然后在启动spark-shell时,需要指定master参数,完整命令如下:
spark-shell --master spark://master:7077 --executor-memory 2g --total-executor-cores 2 --jars jedis-2.9.0.jar

如果启动spark shell时没有指定master地址,也可以正常启动spark shell和执行spark shell中的程序,其实是启动了spark的local模式,该模式仅在本机启动一个进程,和spark集群没有关系。

故可以排除代码的问题,那问题就很可能在使用spart-submit提交程序时,环境不一致导致的,因为我使用的打包插件是spring-boot-maven-plugin,jar包里是使用的classloader是springframework loader,根据上面jira里comment的描述(avoid loading with different classloaders),很有可能问题就出在这里

 <build>
    <sourceDirectory>src/main/scala</sourceDirectory>
    <plugins>
      <plugin>
        <groupId>org.scala-tools</groupId>
        <artifactId>maven-scala-plugin</artifactId>
        <executions>
          <execution>
            <goals>
              <goal>compile</goal>
              <goal>testCompile</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
        <configuration>
          <scalaVersion>${scala.version}</scalaVersion>
          <args>
            <arg>-target:jvm-1.5</arg>
          </args>
        </configuration>
      </plugin>
      <plugin>
        <groupId>org.springframework.boot</groupId>
        <artifactId>spring-boot-maven-plugin</artifactId>
        <executions>
          <execution>
            <goals>
              <goal>repackage</goal>
            </goals>
            <configuration>
              <!--<classifier>spring-boot</classifier>-->
              <mainClass>mytest.Import</mainClass>
            </configuration>
          </execution>
        </executions>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>

修改方案1:修改pom文件,不使用sprint boot插件:

    <build>
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>org.scala-tools</groupId>
                <artifactId>maven-scala-plugin</artifactId>
                <version>2.15.2</version>
                <executions>
                    <execution>
                        <goals>
                            <goal>compile</goal>
                            <goal>testCompile</goal>
                        </goals>
                    </execution>
                </executions>
            </plugin>

            <plugin>
                <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
                <version>3.6.0</version>
                <configuration>
                    <source>1.8</source>
                    <target>1.8</target>
                </configuration>
            </plugin>

            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-surefire-plugin</artifactId>
                <version>2.19</version>
                <configuration>
                    <skip>true</skip>
                </configuration>
            </plugin>

        </plugins>
    </build>

这次打包出来的jar包只包含代码的class文件,不包含第3放的类库,因为这个spark程序需要使用的jedis-2.9.0.jar也没有包含到输出的jar包中,这个包只有10k不到,为了正确执行这个包,必须先把依赖的第3方库也上传到spark环境相应的目录中,在调用spark-submit时,需要通过参数--jars指定依赖包的路径,命令执行如下

spark-submit --class mytest.Import --jars /home/mytestzk/projects/jedis-2.9.0.jar  --master spark://master:7077 --executor-memory 2g --total-executor-cores 2 /home/mytestzk/projects/myproject-1.0-SNAPSHOT.jar /mnt/WindowShare/holdings1.txt

执行成功,问题解决!

修改方案2:

进一步,对于上面方案,如果依赖的第3放包比较少,也还可以,命令参数不会太长,但如果要依赖很多包,那么在spark-submit的jars参数中就需要列出来所有的包,中间用逗号分隔,这样导致命令就比较长,很麻烦,那是否可以把所有需要依赖的第3放包放到一个专门的目录中呢,查看spark文档,答案是可以的,

修改spark的spark-default.conf,添加下面参数指定第3方库的目录,将依赖包jedis-2.9.0.jar拷贝到这个目录

spark.executor.extraClassPath=/home/mytestzk/projects/*
spark.driver.extraClassPath=/home/mytestzk/projects/*

执行spark-submit命令如下

spark-submit --class mytest.Import   --master spark://master:7077 --executor-memory 2g --total-executor-cores 2 /home/mytestzk/projects/myproject-1.0-SNAPSHOT.jar /mnt/WindowShare/holdings1.txt

执行成功,问题解决!

修改方案3:

上面2种方案,需要单独部署第3方依赖库到spark执行环境,部署升级都很麻烦,如果能将程序所有依赖的包都打在一起,这样部署升级都很方便,那好吧,再进一步,修改pom文件

<build>
    <sourceDirectory>src/main/scala</sourceDirectory>
    <plugins>
      <plugin>
        <groupId>org.scala-tools</groupId>
        <artifactId>maven-scala-plugin</artifactId>
        <executions>
          <execution>
            <goals>
              <goal>compile</goal>
              <goal>testCompile</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
        <configuration>
          <scalaVersion>${scala.version}</scalaVersion>
          <args>
            <arg>-target:jvm-1.5</arg>
          </args>
        </configuration>
      </plugin>
      <plugin>
        <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
        <version>3.0.0</version>
        <configuration>
          <archive>
            <manifest>
              <mainClass>mytest.Import</mainClass>
            </manifest>
          </archive>
          <descriptorRefs>
            <descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
          </descriptorRefs>
        </configuration>
        <executions>
          <execution>
            <id>make-assembly</id>
            <phase>package</phase>
            <goals>
              <goal>single</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>

使用maven-assembly-plugin插件,依赖的jar包会被解开并打入包中,而最开始使用的sprint-boot-maven-plugin插件,依赖的jar包是不会被解开的,使用这种方法,也不需要修改spark-defaults.conf文件了,重新打包并执行:

spark-submit --class mytest.Import   --master spark://master:7077 --executor-memory 2g --total-executor-cores 2 /home/mytestzk/projects/myproject-1.0-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar /mnt/WindowShare/holdings1.txt

执行成功,问题解决!

思考这次遇到的问题,其实是从一开始,就希望能够使用spint boot方式将所有依赖的库打包成一个fat jar,但又不希望依赖库被解包,如果开始是使用的maven assembly插件,就不会出现这个问题,也不会在这个问题上折腾了许久时间,但不折腾无收获,希望对遇到类似问题的朋友有帮助。

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