2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因

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论文地址

STRING数据库

PPI网络构建

输入差异基因list

进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”

继续

PPI图

保存结果

cytoscape软件筛选hub基因、功能模块

在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件

输入“string_interactions”文件

用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因

下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序

下面的图片就是筛选出来的10个hub基因，保存结果，后续进行生存分析

生存分析

最终发现VEGFA基因与生存显著相关

用MCODE插件，筛选功能模块